PDB-2dbw: Crystal Structure of Gamma-glutamyltranspeptidase from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dbw

タイトル

Crystal Structure of Gamma-glutamyltranspeptidase from Escherichia coli Acyl-Enzyme Intermediate

要素

(Gamma-glutamyltranspeptidase) x 2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

gamma-glutamyltransferase (Γ-グルタミルトランスフェラーゼ) / ggt / gamma-gtp /

glutathione (グルタチオン) /

acyl-enzyme intermediate (酵素反応)

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid salvage / gamma-glutamyl-peptidase activity /

Γ-グルタミルトランスフェラーゼ / glutathione gamma-glutamate hydrolase /

glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process / glutathione biosynthetic process / self proteolysis / outer membrane-bounded periplasmic space /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Okada, T. / Wada, K. / Fukuyama, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamyltranspeptidase from Escherichia coli, a key enzyme in glutathione metabolism, and its reaction intermediate
著者: Okada, T. / Suzuki, H. / Wada, K. / Kumagai, H. / Fukuyama, K.

履歴

登録	2005年12月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2013年5月15日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dbw.cif.gz	237.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dbw.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dbuSC 2dbxC 2dg5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dbu-1 2z8i-2 2dg5-2 2z8k-1 2dbu-2 2dbx-2 2dg5-1 2z8k-2 1ukp-3 3fnm-2 2z8j-1 2dbx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyltranspeptidase

B: Gamma-glutamyltranspeptidase

C: Gamma-glutamyltranspeptidase

D: Gamma-glutamyltranspeptidase

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-glutamyltranspeptidase

B: Gamma-glutamyltranspeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Gamma-glutamyltranspeptidase

D: Gamma-glutamyltranspeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.800, 126.700, 128.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Gamma-glutamyltranspeptidase 分子量: 39827.070 Da / 分子数: 2 / 断片: LARGE SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli大腸菌 / 株: K-12 / 遺伝子: GGT / プラスミド: PSH1291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SH1603 参照: UniProt: P18956, Γ-グルタミルトランスフェラーゼ
#2: タンパク質	Gamma-glutamyltranspeptidase 分子量: 20262.951 Da / 分子数: 2 / 断片: SMALL SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli大腸菌 / 株: K-12 / 遺伝子: GGT / プラスミド: PSH1291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SH1603 参照: UniProt: P18956, Γ-グルタミルトランスフェラーゼ
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-GGL / GAMMA-L-GLUTAMIC ACID / L-GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸タイプ: L-gamma-peptide, C-delta linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 12.5% PEG 4000, 0.2M magnesium sulfate, 5% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月8日
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE MONOCHROMATER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 120057 / Num. obs: 120057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 16.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.063
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.348 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2DBU

2dbu

解像度: 1.8→46.42 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2686055.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	6008	5 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
all	0.181	119896	-	-
obs	0.18	119896	99.9 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 46.016 Å² / k_sol: 0.36887 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.27 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.14 Å	0.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8227	0	42	896	9165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.84
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.01	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.47	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.94	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.75	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	935	4.7 %
R_work	0.218	18837	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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