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- PDB-2d4n: Crystal Structure of M-PMV dUTPase complexed with dUPNPP, substra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4n
タイトルCrystal Structure of M-PMV dUTPase complexed with dUPNPP, substrate analogue
要素DU
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral process / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A ...GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Distorted Sandwich / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / : / Gag-Pro polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Nemeth, V. / Barabas, O. / Vertessy, G.B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Flexible segments modulate co-folding of dUTPase and nucleocapsid proteins.
著者: Nemeth-Pongracz, V. / Barabas, O. / Fuxreiter, M. / Simon, I. / Pichova, I. / Rumlova, M. / Zabranska, H. / Svergun, D. / Petoukhov, M. / Harmat, V. / Klement, E. / Hunyadi-Gulyas, E. / ...著者: Nemeth-Pongracz, V. / Barabas, O. / Fuxreiter, M. / Simon, I. / Pichova, I. / Rumlova, M. / Zabranska, H. / Svergun, D. / Petoukhov, M. / Harmat, V. / Klement, E. / Hunyadi-Gulyas, E. / Medzihradszky, K.F. / Konya, E. / Vertessy, B.G.
履歴
登録2005年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年7月20日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7694
ポリマ－16,1551
非ポリマー6143
水2,468137
1
A: DU
ヘテロ分子

A: DU
ヘテロ分子

A: DU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,30712
ポリマ－48,4663
非ポリマー1,8419
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-y+2,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-x+y,-x+2,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.071, 61.071, 64.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

TRS

21A-1001-

TRS

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 2-y,2+x-y,z and -x+y,2-x,z

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要素

#1: タンパク質 DU / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotido Hydrolase


分子量: 16155.373 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 83-234 / 変異: N83K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
属: Betaretrovirus / 遺伝子: gag-pro / プラスミド: pET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: GenBank: 40018527, UniProt: P07570*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, AMMONIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8128 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→52.93 Å / Num. all: 20787 / Num. obs: 20787 / % possible obs: 98.72 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.66 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 12.34
反射 シェル解像度: 1.52→1.61 Å / 冗長度: 2.13 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique all: 3282 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 98.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: rigid body refinement
開始モデル: 2D4L

2d4l


解像度: 1.53→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.454 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS and isotropic individual / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, rigid body refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18717 1097 5.4 %from starting model
Rwork0.16443 ---
all0.16566 19296 --
obs0.16566 19296 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20.3 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 0 37 137 1000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9112.051255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7525124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35325.76926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1115153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.573153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6243596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.88310964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.09750341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.45750286
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 79 -
Rwork0.245 1409 -
obs-1488 99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.4987 Å / Origin y: 59.1533 Å / Origin z: 30.661 Å
111213212223313233
T-0.0165 Å20.0045 Å2-0.0033 Å2--0.0444 Å20.0081 Å2---0.0041 Å2
L0.4966 °2-0.0433 °2-0.0637 °2-0.6739 °20.1368 °2--1.0476 °2
S0.0067 Å °-0.024 Å °-0.0736 Å °-0.0111 Å °0.031 Å °-0.0199 Å °0.0919 Å °0.0691 Å °-0.0377 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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