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万見
- PDB-2d3o: Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d3o
タイトルStructure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans
要素
  • 23S RIBOSOMAL RNA23SリボソームRNA
  • 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
  • 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
  • 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
  • Trigger Factor
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Trigger Factor / Nascent Chain / 50S / Protein Folding (フォールディング) / SRP
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ribosome binding / protein transport / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding ...'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ribosome binding / protein transport / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / 細胞分裂 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Trigger factor ribosome-binding domain / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Helix Hairpins - #310 ...Trigger factor ribosome-binding domain / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Helix Hairpins - #310 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Helix Hairpins / Ribosomal protein L24 signature. / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW / KOW motif / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL23
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Schluenzen, F. / Wilson, D.N. / Hansen, H.A. / Tian, P. / Harms, J.M. / McInnes, S.J. / Albrecht, R. / Buerger, J. / Wilbanks, S.M. / Fucini, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The Binding Mode of the Trigger Factor on the Ribosome: Implications for Protein Folding and SRP Interaction
著者: Schlunzen, F. / Wilson, D.N. / Tian, P. / Harms, J.M. / McInnes, S.J. / Hansen, H.A. / Albrecht, R. / Buerger, J. / Wilbanks, S.M. / Fucini, P.
履歴
登録2005年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref / Item: _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S RIBOSOMAL RNA
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
S: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
1: Trigger Factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)976,5965
ポリマ－976,5965
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.500, 410.500, 695.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 6460405
#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 /


分子量: 10539.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK0
#3: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 /


分子量: 12384.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ1
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 /


分子量: 7774.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ4
#5: タンパク質 Trigger Factor / TF


分子量: 12492.059 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ribosome Binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RT21

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ETHANOLエタノール11
2DIMETHYLHEXANEDIOL11
3MGCL211
4KCL11
5HEPES11
6NH4CL11
7MGCL212
8KCL12
9HEPES12
10NH4CL12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月13日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→30 Å / Num. all: 344768 / Num. obs: 322358 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.35→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 24577187.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 14389 4.5 %RANDOM
Rwork0.299 ---
all0.299 344768 --
obs0.299 322358 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 300 Å2 / ksol: 1.19822 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.15 Å20 Å20 Å2
2--49.05 Å20 Å2
3----19.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.72 Å0.59 Å
Luzzati d res low-7 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2872 60132 0 0 63004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.73
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.335 25804 -
obs--75.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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