PDB-2d3c: Crystal Structure of the Maize Glutamine Synthetase complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d3c

タイトル

Crystal Structure of the Maize Glutamine Synthetase complexed with ADP and Phosphinothricin Phosphate

要素

glutamine synthetase

グルタミンシンテターゼ

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / GLUTAMINE SYNTHETASE MAIZE HERBICIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process /

glutamine synthetase activity /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 3.81 Å

データ登録者

Unno, H. / Uchida, T. / Sugawara, H. / Kurisu, G. / Sugiyama, T. / Yamaya, T. / Sakakibara, H. / Hase, T. / Kusunoki, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Atomic Structure of Plant Glutamine Synthetase: A KEY ENZYME FOR PLANT PRODUCTIVITY
著者: Unno, H. / Uchida, T. / Sugawara, H. / Kurisu, G. / Sugiyama, T. / Yamaya, T. / Sakakibara, H. / Hase, T. / Kusunoki, M.

履歴

登録	2005年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d3c.cif.gz	679.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d3c.ent.gz	577.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/2d3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/2d3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d3aC 2d3bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d3a-d 2d3b-d 2qc8-d 2uu7-2 4bax-d 2uu7-1 1acm-1 3mpu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (12)

登録構造単位

A: glutamine synthetase

B: glutamine synthetase

C: glutamine synthetase

D: glutamine synthetase

E: glutamine synthetase

F: glutamine synthetase

G: glutamine synthetase

H: glutamine synthetase

I: glutamine synthetase

J: glutamine synthetase

ヘテロ分子

401 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.958, 191.012, 118.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: CYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 355 / Label seq-ID: 3 - 355

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

#1: タンパク質	glutamine synthetase / グルタミンシンテターゼ分子量: 39264.039 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: gs1a / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38561, グルタミンシンテターゼ
#2: 化合物	... ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-P3P / (2S)-2-AMINO-4-[METHYL(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]BUTANOIC ACID / PHOSPHINOTHRICIN PHOSPHATE 分子量: 261.107 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃NO₇P₂
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 9% PEG8000, 5% MPD, 100MM Tris-HCl, 10MM MnCl2, 1MM ATP, 1MM phosphinothricin, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月5日
放射	モノクロメーター: Osmic conforcal Max-Flux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 34283 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 44.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.81→27.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 39.751 / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.884 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22943	1718	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18464	-	-	-
obs	0.18694	32165	83.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.81→27.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27450	0	450	238	28138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	28630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.763	1.968	39020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.406	5	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.34	23.984	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.296	15	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.386	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	22180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	12506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.325	0.2	19430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.171	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.496	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.3	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.746	1.5	17819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.248	2	28210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.647	3	12685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.701	4.5	10810
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2746 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.02
2	B	tight positional	0.02	0.02
3	C	tight positional	0.02	0.02
4	D	tight positional	0.02	0.02
5	E	tight positional	0.02	0.02
6	F	tight positional	0.02	0.02
7	G	tight positional	0.02	0.02
8	H	tight positional	0.03	0.02
9	I	tight positional	0.02	0.02
10	J	tight positional	0.02	0.02
1	A	tight thermal	0.03	0.2
2	B	tight thermal	0.03	0.2
3	C	tight thermal	0.03	0.2
4	D	tight thermal	0.03	0.2
5	E	tight thermal	0.03	0.2
6	F	tight thermal	0.03	0.2
7	G	tight thermal	0.03	0.2
8	H	tight thermal	0.03	0.2
9	I	tight thermal	0.03	0.2
10	J	tight thermal	0.03	0.2

LS精密化シェル

解像度: 3.806→3.903 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	122	-
R_work	0.238	2146	-
obs	-	-	77.14 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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