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- PDB-2d1x: The crystal structure of the cortactin-SH3 domain and AMAP1-pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d1x
タイトルThe crystal structure of the cortactin-SH3 domain and AMAP1-peptide complex
要素
  • cortactin isoform a
  • proline rich region from development and differentiation enhancing factor 1
キーワードCELL INVASION / SH3 / PROLINE-RICH / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane tubulation / lamellipodium organization / mitotic spindle midzone / negative regulation of dendritic spine development / regulation of mitophagy / VxPx cargo-targeting to cilium / profilin binding / positive regulation of smooth muscle contraction / substrate-dependent cell migration, cell extension / protein localization to cilium ...positive regulation of membrane tubulation / lamellipodium organization / mitotic spindle midzone / negative regulation of dendritic spine development / regulation of mitophagy / VxPx cargo-targeting to cilium / profilin binding / positive regulation of smooth muscle contraction / substrate-dependent cell migration, cell extension / protein localization to cilium / focal adhesion assembly / podosome / dendritic spine maintenance / regulation of axon extension / regulation of postsynapse organization / positive regulation of actin filament polymerization / cortical cytoskeleton / phosphatidylserine binding / RHO GTPases activate PAKs / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cilium assembly / endocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway / クラスリン / voltage-gated potassium channel complex / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / receptor-mediated endocytosis / GTPase activator activity / neuron projection morphogenesis / trans-Golgi network membrane / 運動性 / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / intracellular protein transport / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / 細胞皮質 / actin cytoskeleton organization / 樹状突起スパイン / 細胞骨格 / cadherin binding / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / glutamatergic synapse / ゴルジ体 / 小胞体 / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / Hs1/Cortactin / Cortactin, SH3 domain / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein ...ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / Hs1/Cortactin / Cortactin, SH3 domain / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / BAR domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Src substrate cortactin / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hashimoto, S. / Hirose, M. / Hashimoto, A. / Morishige, M. / Yamada, A. / Hosaka, H. / Akagi, K. / Ogawa, E. / Oneyama, C. / Agatsuma, T. ...Hashimoto, S. / Hirose, M. / Hashimoto, A. / Morishige, M. / Yamada, A. / Hosaka, H. / Akagi, K. / Ogawa, E. / Oneyama, C. / Agatsuma, T. / Okada, M. / Kobayashi, H. / Wada, H. / Nakano, H. / Ikegami, T. / Nakagawa, A. / Sabe, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Targeting AMAP1 and cortactin binding bearing an atypical src homology 3/proline interface for prevention of breast cancer invasion and metastasis.
著者: Hashimoto, S. / Hirose, M. / Hashimoto, A. / Morishige, M. / Yamada, A. / Hosaka, H. / Akagi, K. / Ogawa, E. / Oneyama, C. / Agatsuma, T. / Okada, M. / Kobayashi, H. / Wada, H. / Nakano, H. / ...著者: Hashimoto, S. / Hirose, M. / Hashimoto, A. / Morishige, M. / Yamada, A. / Hosaka, H. / Akagi, K. / Ogawa, E. / Oneyama, C. / Agatsuma, T. / Okada, M. / Kobayashi, H. / Wada, H. / Nakano, H. / Ikegami, T. / Nakagawa, A. / Sabe, H.
履歴
登録2005年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cortactin isoform a
B: cortactin isoform a
C: cortactin isoform a
D: cortactin isoform a
P: proline rich region from development and differentiation enhancing factor 1
Q: proline rich region from development and differentiation enhancing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9448
ポリマ－32,7526
非ポリマー1922
水4,143230
1
A: cortactin isoform a
B: cortactin isoform a
P: proline rich region from development and differentiation enhancing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4724
ポリマ－16,3763
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: cortactin isoform a
D: cortactin isoform a
Q: proline rich region from development and differentiation enhancing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4724
ポリマ－16,3763
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.450, 132.140, 61.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
cortactin isoform a


分子量: 7345.027 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTTN(AMINO ACIDS 490-550) / プラスミド: pGEX6p-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q14247
#2: タンパク質・ペプチド proline rich region from development and differentiation enhancing factor 1


分子量: 1686.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: GenBank: 46094081, UniProt: Q9ULH1*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, Hepes, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 23138 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3359 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 605405.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1164 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 23121 99.4 %-
all-345100 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.9422 Å2 / ksol: 0.374901 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.46 Å20 Å20 Å2
2---7.24 Å20 Å2
3---10.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2074 0 10 230 2314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.492.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 204 5.3 %
Rwork0.309 3611 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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