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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d0j | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human GlcAT-S Apo Form | ||||||
要素 | Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann-like fold / glucuronyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase / galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase activity / chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / glycosaminoglycan metabolic process / protein glycosylation / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Shiba, T. / Kakuda, S. / Ishiguro, M. / Oka, S. / Kawasaki, T. / Wakatsuki, S. / Kato, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of GlcAT-S, a human glucuronyltransferase, involved in the biosynthesis of the HNK-1 carbohydrate epitope 著者: Shiba, T. / Kakuda, S. / Ishiguro, M. / Morita, I. / Oka, S. / Kawasaki, T. / Wakatsuki, S. / Kato, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d0j.cif.gz | 208.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d0j.ent.gz | 167.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/2d0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/2d0j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1v82S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28234.346 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9NPZ5, galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG5000 MME, di-sodium hydrogen phosphate, cesium chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 79510 / Num. obs: 76289 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 90.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V82 解像度: 2→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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