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万見
- PDB-2d0d: Crystal Structure of a Meta-cleavage Product Hydrolase (CumD) A12... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d0d
タイトルCrystal Structure of a Meta-cleavage Product Hydrolase (CumD) A129V Mutant
要素2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta-hydrolase / beta-ketolase / meta-cleavage product hydrolase / substrate specificity / cumene degradation / polychlorinated biphenyl degradation / PCB
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jun, S.Y. / Fushinobu, S. / Nojiri, H. / Omori, T. / Shoun, H. / Wakagi, T.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Improving the catalytic efficiency of a meta-cleavage product hydrolase (CumD) from Pseudomonas fluorescens IP01
著者: Jun, S.Y. / Fushinobu, S. / Nojiri, H. / Omori, T. / Shoun, H. / Wakagi, T.
#1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2005
タイトル: A series of crystal structures of a meta-cleavage product hydrolase from Pseudomonas fluorescens IP01 (CumD) complexed with various cleavage products
著者: Fushinobu, S. / Jun, S.Y. / Hidaka, M. / Nojiri, H. / Yamane, H. / Shoun, H. / Omori, T. / Wakagi, T.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of a meta-cleavage product hydrolase from Pseudomonas fluorescens IP01 (CumD) complexed with cleavage products
著者: Fushinobu, S. / Saku, T. / Hidaka, M. / Jun, S.Y. / Nojiri, H. / Yamane, H. / Shoun, H. / Omori, T. / Wakagi, T.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7764
ポリマ－31,5511
非ポリマー2253
水6,702372
1
A: 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5528
ポリマ－63,1012
非ポリマー4516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.650, 116.623, 78.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y+1, -z.

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase


分子量: 31550.658 Da / 分子数: 1 / 変異: A129V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: CUMD / プラスミド: pIP140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P96965, EC: 3.7.1.9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 3000, sodium phosphate/citrate, sodium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月22日
放射モノクロメーター: Si 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.84 Å / Num. all: 42760 / Num. obs: 42732 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 4242 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1IUP

1iup


解像度: 1.65→46.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1954847.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 2106 4.9 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.174 42732 --
obs0.173 42703 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.0574 Å2 / ksol: 0.343085 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.02 Å20 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3----1.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 0 11 372 2525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 354 5 %
Rwork0.203 6684 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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