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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cxy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the hBAF250b AT-rich interaction domain (ARID) | ||||||
要素 | BAF250b subunit | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-binding domain (DNA結合ドメイン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / cellular response to angiotensin / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair ...bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / cellular response to angiotensin / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / nucleosome binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to ischemia / positive regulation of cell differentiation / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shimada, A. / Niwa, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the hBAF250b AT-rich interaction domain (ARID) 著者: Shimada, A. / Niwa, H. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cxy.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cxy.ent.gz | 25.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cxy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/2cxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/2cxy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13973.688 Da / 分子数: 1 / 断片: AT-rich interaction domain (ARID) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: hBAF250b / プラスミド: PX041105-20 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q8NFD5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: tri-sodium citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9791, 0.9794, 0.9640 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月13日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si double-crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 16439 / Num. obs: 16439 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 28.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.34 / Num. unique all: 1152 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 67.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→36.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1148253.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.54 Å2 / ksol: 0.378512 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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