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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cxx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a probable GTP-binding protein engB | ||||||
要素 | Probable GTP-binding protein engB | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / GTP-binding protein (Gタンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kukimoto-Niino, M. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a probable GTP-binding protein engB 著者: Kukimoto-Niino, M. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cxx.cif.gz | 130.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cxx.ent.gz | 107.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/2cxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/2cxx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22250.543 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O57939 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.667076 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG4000, magnesium sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.979117 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2005年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979117 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 55008 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3918 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 23.9457 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.52895 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 864960.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.1108 Å2 / ksol: 0.329702 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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