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- PDB-2c6n: Structure of human somatic angiontensin-I converting enzyme N dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c6n
タイトルStructure of human somatic angiontensin-I converting enzyme N domain with lisinopril
要素ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME, SOMATIC ISOFORMアンジオテンシン変換酵素
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE (加水分解酵素) / ANGIOTENSIN-I CONVERTING ENZYME / N DOMAIN / ZINC METALLOPEPTIDASE / METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / ANGIOTENSIN (アンジオテンシン) / LISINOPRIL / CARBOXYPEPTIDASE / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / METAL-BINDING / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / PROTEASE (プロテアーゼ) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / : / mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / アンジオテンシン変換酵素 / tripeptidyl-peptidase activity ...positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / : / mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / アンジオテンシン変換酵素 / tripeptidyl-peptidase activity / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / positive regulation of blood pressure / negative regulation of glucose import / 血管収縮 / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / neutrophil mediated immunity / hormone metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / positive regulation of neurogenesis / mitogen-activated protein kinase kinase binding / arachidonic acid secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / heterocyclic compound binding / peptide catabolic process / heart contraction / lung alveolus development / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / hematopoietic stem cell differentiation / angiotensin maturation / blood vessel remodeling / amyloid-beta metabolic process / animal organ regeneration / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient levels / basal plasma membrane / negative regulation of protein binding / kidney development / female pregnancy / angiotensin-activated signaling pathway / brush border membrane / cellular response to glucose stimulus / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / 血圧 / metallopeptidase activity / male gonad development / positive regulation of protein binding / actin binding / peptidase activity / 精子形成 / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / membrane => GO:0016020 / リソソーム / calmodulin binding / response to hypoxia / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
リシノプリル / 酢酸塩 / Chem-LPR / アンジオテンシン変換酵素 / アンジオテンシン変換酵素
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Corradi, H.R. / Schwager, S.L.U. / Nichinda, A. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the N domain of human somatic angiotensin I-converting enzyme provides a structural basis for domain-specific inhibitor design.
著者: Corradi, H.R. / Schwager, S.L. / Nchinda, A.T. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2005年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Other
改定 1.32015年4月15日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
改定 2.02018年7月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / refine / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _refine.pdbx_starting_model / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12020年7月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_molecule.asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME, SOMATIC ISOFORM
B: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME, SOMATIC ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,06217
ポリマ－141,0722
非ポリマー2,99015
水34219
1
A: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME, SOMATIC ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0949
ポリマ－70,5361
非ポリマー1,5578
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME, SOMATIC ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9688
ポリマ－70,5361
非ポリマー1,4327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.300, 210.900, 171.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME, SOMATIC ISOFORM / アンジオテンシン変換酵素 / SOMATIC ANGIOTENSIN-I CONVERTING ENZYME N DOMAIN / DIPEPTIDYL CARBOXYPEPTIDASE I / KININASE II / CD143 ANTIGEN


分子量: 70536.148 Da / 分子数: 2 / 断片: N DOMAIN, RESIDUES 38-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q59GY8, UniProt: P12821*PLUS, アンジオテンシン変換酵素

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 28分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-LPR / [N2-[(S)-1-CARBOXY-3-PHENYLPROPYL]-L-LYSYL-L-PROLINE / リシノプリル / LISINOPRIL / リシノプリル / リシノプリル


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 酵素阻害剤酵素阻害剤 / 分子量: 405.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O5 / 参照: リシノプリル / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化pH: 4.9
詳細: 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.9, 10UM ZINC SULPHATE, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 36858 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O8A

1o8a


解像度: 3→28.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2443102.53 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 903 2.6 %RANDOM
Rwork0.294 ---
obs0.294 35238 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.17 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9412 0 190 19 9621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 130 2.5 %
Rwork0.375 5119 -
obs--86.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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