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万見
- PDB-2c55: Solution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 p6 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c55
タイトルSolution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 p6 Protein
要素PROTEIN P6
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / P6 / HIV-1 / P6-GAG / AIDS (後天性免疫不全症候群) / CORE PROTEIN (カプシド) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / MEMBRANE (生体膜) / METAL-BINDING / MYRISTATE (ミリスチン酸) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / POLYPROTEIN (タンパク質分解) / RNA-BINDING / VIRAL NUCLEOPROTEIN / ZINC (亜鉛) / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #390 / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / gag protein p24 N-terminal domain / Helix non-globular / Special / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #390 / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / gag protein p24 N-terminal domain / Helix non-globular / Special / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Fossen, T. / Wray, V. / Bruns, K. / Rachmat, J. / Henklein, P. / Tessmer, U. / Maczurek, A. / Klinger, P. / Schubert, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 P6 Protein.
著者: Fossen, T. / Wray, V. / Bruns, K. / Rachmat, J. / Henklein, P. / Tessmer, U. / Maczurek, A. / Klinger, P. / Schubert, U.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN P6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8121
ポリマ－5,8121
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 104LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN P6


分子量: 5812.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: P6 SEQUENCE DERIVED FROM THE ISOLATE HIV-1NL4-3
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12493
構成要素の詳細PARTICIPATES IN BUDDING OF THE ASSEMBLED PARTICLE BY INTERACTING WITH TSG101
配列の詳細P6 SEQUENCE DERIVED FROM THE ISOLATE HIV-1NL4-3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131COSY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 50% WATER/50% TFE-D2
試料状態pH: 3.0 / 圧: 1.0 atm / 温度: 300.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS1構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 104 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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