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- PDB-2c37: RNASE PH CORE OF THE ARCHAEAL EXOSOME IN COMPLEX WITH U8 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c37
タイトルRNASE PH CORE OF THE ARCHAEAL EXOSOME IN COMPLEX WITH U8 RNA
要素(PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ...) x 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / EXOSOME / RRP41 / RRP42 / EXORIBONUCLEASE / RNA DEGRADATION / ARCHAEAL (古細菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic exosome (RNase complex) / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / : / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / : / rRNA catabolic process ...cytoplasmic exosome (RNase complex) / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / : / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / : / rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 ...Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of 3' End RNA Recognition and Exoribonucleolytic Cleavage by an Exosome Rnase Ph Core.
著者: Lorentzen, E. / Conti, E.
履歴
登録2005年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
G: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
H: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
J: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
K: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
L: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
M: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
N: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
O: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
P: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
Q: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
R: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
S: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
T: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
U: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
V: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
W: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
X: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)702,87063
ポリマ－694,08724
非ポリマー8,78339
水0
1
A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,22117
ポリマ－173,5226
非ポリマー2,70011
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
H: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
J: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
K: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
L: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,57315
ポリマ－173,5226
非ポリマー2,0519
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
M: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
N: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
O: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
P: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
Q: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
R: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,83113
ポリマ－173,5226
非ポリマー1,3097
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
S: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
T: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
U: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
V: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
W: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
X: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,24418
ポリマ－173,5226
非ポリマー2,72312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)207.020, 212.940, 433.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
71M
81O
91Q
101S
111U
121W
12B
22D
32F
42H
52J
62L
72N
82P
92R
102T
112V
122X
13D
23L
33P
43R
53T

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETPROPROAA1 - 741 - 74
211METMETPROPROCC1 - 741 - 74
311METMETPROPROEE1 - 741 - 74
411METMETPROPROGG1 - 741 - 74
511METMETPROPROII1 - 741 - 74
611METMETPROPROKK1 - 741 - 74
711METMETPROPROMM1 - 741 - 74
811METMETPROPROOO1 - 741 - 74
911METMETPROPROQQ1 - 741 - 74
1011METMETPROPROSS1 - 741 - 74
1111METMETPROPROUU1 - 741 - 74
1211METMETPROPROWW1 - 741 - 74
121GLUGLUSERSERAA76 - 12176 - 121
221GLUGLUSERSERCC76 - 12176 - 121
321GLUGLUSERSEREE76 - 12176 - 121
421GLUGLUSERSERGG76 - 12176 - 121
521GLUGLUSERSERII76 - 12176 - 121
621GLUGLUSERSERKK76 - 12176 - 121
721GLUGLUSERSERMM76 - 12176 - 121
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921GLUGLUSERSERQQ76 - 12176 - 121
1021GLUGLUSERSERSS76 - 12176 - 121
1121GLUGLUSERSERUU76 - 12176 - 121
1221GLUGLUSERSERWW76 - 12176 - 121
131ALAALAPROPROAA123 - 231123 - 231
231ALAALAPROPROCC123 - 231123 - 231
331ALAALAPROPROEE123 - 231123 - 231
431ALAALAPROPROGG123 - 231123 - 231
531ALAALAPROPROII123 - 231123 - 231
631ALAALAPROPROKK123 - 231123 - 231
731ALAALAPROPROMM123 - 231123 - 231
831ALAALAPROPROOO123 - 231123 - 231
931ALAALAPROPROQQ123 - 231123 - 231
1031ALAALAPROPROSS123 - 231123 - 231
1131ALAALAPROPROUU123 - 231123 - 231
1231ALAALAPROPROWW123 - 231123 - 231
141LEULEUILEILEAA233 - 275233 - 275
241LEULEUILEILECC233 - 275233 - 275
341LEULEUILEILEEE233 - 275233 - 275
441LEULEUILEILEGG233 - 275233 - 275
541LEULEUILEILEII233 - 275233 - 275
641LEULEUILEILEKK233 - 275233 - 275
741LEULEUILEILEMM233 - 275233 - 275
841LEULEUILEILEOO233 - 275233 - 275
941LEULEUILEILEQQ233 - 275233 - 275
1041LEULEUILEILESS233 - 275233 - 275
1141LEULEUILEILEUU233 - 275233 - 275
1241LEULEUILEILEWW233 - 275233 - 275
112LYSLYSASPASPBB18 - 18218 - 182
212LYSLYSASPASPDD18 - 18218 - 182
312LYSLYSASPASPFF18 - 18218 - 182
412LYSLYSASPASPHH18 - 18218 - 182
512LYSLYSASPASPJJ18 - 18218 - 182
612LYSLYSASPASPLL18 - 18218 - 182
712LYSLYSASPASPNN18 - 18218 - 182
812LYSLYSASPASPPP18 - 18218 - 182
912LYSLYSASPASPRR18 - 18218 - 182
1012LYSLYSASPASPTT18 - 18218 - 182
1112LYSLYSASPASPVV18 - 18218 - 182
1212LYSLYSASPASPXX18 - 18218 - 182
122TRPTRPVALVALBB184 - 248184 - 248
222TRPTRPVALVALDD184 - 248184 - 248
322TRPTRPVALVALFF184 - 248184 - 248
422TRPTRPVALVALHH184 - 248184 - 248
522TRPTRPVALVALJJ184 - 248184 - 248
622TRPTRPVALVALLL184 - 248184 - 248
722TRPTRPVALVALNN184 - 248184 - 248
822TRPTRPVALVALPP184 - 248184 - 248
922TRPTRPVALVALRR184 - 248184 - 248
1022TRPTRPVALVALTT184 - 248184 - 248
1122TRPTRPVALVALVV184 - 248184 - 248
1222TRPTRPVALVALXX184 - 248184 - 248
113GLUGLULYSLYSDD8 - 188 - 18
213GLUGLULYSLYSLL8 - 188 - 18
313GLUGLULYSLYSPP8 - 188 - 18
413GLUGLULYSLYSRR8 - 188 - 18
513GLUGLULYSLYSTT8 - 188 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ... , 2種, 24分子 ACEGIKMOQSUWBDFHJLNPRTVX

#1: タンパク質
PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2


分子量: 30227.625 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質
PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1


分子量: 27612.936 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-RP5 / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
b-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 38分子

#3: 化合物...
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP / ウリジル酸


分子量: 324.181 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 50 MM MES, 2.4 M SODIUM MALONATE, PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.951
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 211093 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR2

2br2


解像度: 2.8→93.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 39.895 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.031 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 6530 3 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.267 211093 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→93.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46133 0 437 0 46570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02247224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1972.00764091
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X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.27713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0234335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.220487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.231853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.21611
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3621.530135
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72248606
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1897tight positional0.030.05
12C1897tight positional0.040.05
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111U1897tight positional0.040.05
112W1897tight positional0.040.05
21B1753tight positional0.030.05
22D1753tight positional0.040.05
23F1753tight positional0.040.05
24H1753tight positional0.030.05
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26L1753tight positional0.040.05
27N1753tight positional0.040.05
28P1753tight positional0.040.05
29R1753tight positional0.040.05
210T1753tight positional0.040.05
211V1753tight positional0.030.05
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34R69tight positional0.040.05
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11A1897tight thermal0.050.5
12C1897tight thermal0.060.5
13E1897tight thermal0.050.5
14G1897tight thermal0.050.5
15I1897tight thermal0.050.5
16K1897tight thermal0.060.5
17M1897tight thermal0.060.5
18O1897tight thermal0.060.5
19Q1897tight thermal0.060.5
110S1897tight thermal0.060.5
111U1897tight thermal0.060.5
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21B1753tight thermal0.060.5
22D1753tight thermal0.060.5
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24H1753tight thermal0.060.5
25J1753tight thermal0.060.5
26L1753tight thermal0.060.5
27N1753tight thermal0.060.5
28P1753tight thermal0.060.5
29R1753tight thermal0.070.5
210T1753tight thermal0.060.5
211V1753tight thermal0.060.5
212X1753tight thermal0.060.5
31D69tight thermal0.060.5
32L69tight thermal0.050.5
33P69tight thermal0.070.5
34R69tight thermal0.050.5
35T69tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.383 426
Rwork0.357 13746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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