- PDB-2bkc: The X-ray structure of the H43G Listeria innocua Dps mutant -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkc
タイトル
The X-ray structure of the H43G Listeria innocua Dps mutant
要素
NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
キーワード
IRON OXIDATION AND STORAGE / DPS (DNA BINDING PROTEIN FROM STARVED CELLS) / DPS FERROXIDASE CENTER / MUTAGENESIS STUDY / IRON STORAGE / METAL TRANSPORT / IRON OXIDATION
機能・相同性
機能・相同性情報
酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / 細胞質 類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein 類似検索 - 構成要素
FUNCTION: PARTICIPATE IN IRON STORAGE ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, ...FUNCTION: PARTICIPATE IN IRON STORAGE ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, X, Y HIS 43 TO GLY
-
実験情報
-
実験
実験
手法: X線回折
-
試料調製
結晶
マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化
詳細: PEG 100 15-30% W/V, ACETATE BUFFERS AT PH VALUES BETWEEN 5.5-6.5
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器
タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 172339 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 89.7
解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.266
8690
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.209
-
-
-
obs
0.212
163334
91.5 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK