PDB-2bh8: Combinatorial Protein 1b11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bh8

タイトル

Combinatorial Protein 1b11

要素

1B11

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

MOLECULAR EVOLUTION (分子進化) / UNIQUE ARCHITECTURE / OB-FOLD / ACTIVATOR / DNA-BINDING /

TRANSCRIPTION REGULATION / RNA- BINDING /

RIBOSOMAL PROTEIN /

PHOSPHORYLATION (リン酸化)

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of termination of DNA-templated transcription / transcription antitermination factor activity, RNA binding / negative regulation of cytoplasmic translation / response to cold /

ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit /

single-stranded DNA binding /

遺伝子発現の調節 /

nucleic acid binding /

single-stranded RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

De Bono, S. / Riechmann, L. / Girard, E. / Williams, R.L. / Winter, G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: A Segment of Cold Shock Protein Directs the Folding of a Combinatorial Protein
著者: De Bono, S. / Riechmann, L. / Girard, E. / Williams, R.L. / Winter, G.

履歴

登録	2005年1月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bh8.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bh8.ent.gz	34.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mjc 3mef
類似構造データ	4ib5-1 2r10-1 6zqs-d 1qm6-1 5mow-1 6tlu-d 5orh-1 5cx9-2 2r0v-1 4ylr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (6) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 1B11

B: 1B11

21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1B11

B: 1B11

A: 1B11

B: 1B11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.090, 101.090, 76.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 21
2	1	1	4	B	1 - 21
1	2	1	4	A	35 - 46
2	2	1	4	B	35 - 46
1	3	1	4	A	52 - 58
2	3	1	4	B	52 - 58
1	4	1	4	A	65 - 72
2	4	1	4	B	65 - 72
1	5	1	4	A	78 - 82
2	5	1	4	B	78 - 82
1	6	1	4	A	91 - 103
2	6	1	4	B	91 - 103

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999957, 0.007428, -0.005506), (-0.004654, 0.1102, 0.993899), (0.00799, 0.993882, -0.110161)
ベクター: 54.4693, 0.102, -0.3021)

#1: タンパク質	1B11 分子量: 10738.937 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 1B11 IS A POLYPEPTIDE THAT INCLUDES SEGMENTS FROM CSPA AND THE S1 DOMAIN OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT OF ESCHERICHIA COLI 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: P15277, UniProt: P02349, UniProt: P0A9X9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: BINDS TO AND STIMULATES THE TRANSCRIPTION OF THE CCAAT-CONTAINING, COLD-SHOCK-INDUCIBLE ...FUNCTION: BINDS TO AND STIMULATES THE TRANSCRIPTION OF THE CCAAT-CONTAINING, COLD-SHOCK-INDUCIBLE PROMOTERS OF THE H-NS AND GYRA PROTEINS. BINDS MRNA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.2 M NACL, 0.05 M MES PH5.6, 2.5 M (NH4)2SO4, pH 5.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月16日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→60 Å / Num. obs: 15820 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.26
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CCP4		位相決定
SHARP		位相決定
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→60.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1316	8.3 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.197	14490	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1259	0	0	144	1403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.92	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	3	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.497	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.603	25.273	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.263	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.655	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.232	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.335	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.352	1.5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.994	2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.977	3	514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.425	4.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 661 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	1.14	0.5
medium thermal	1.26	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.297	101
R_work	0.215	1048

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0831	0.2961	-0.4657	1.1655	0.8065	1.0044	-0.0082	-0.0688	-0.1123	-0.0423	0.0289	0.0211	-0.0871	0.0995	-0.0207	-0.0091	-0.0432	0.0023	-0.0067	0.0392	-0.0214	32.6229	16.7614	-6.9753
2	1.8556	3.085	-3.1348	5.5146	-4.2913	7.4906	0.2535	-0.2027	-0.1053	0.3442	-0.1477	-0.239	-0.4307	0.1028	-0.1058	-0.0208	-0.0813	-0.0319	0.0348	0.0256	-0.0077	37.1197	17.0293	0.1936
3	0.2411	-0.2261	-0.1864	0.7898	-0.56	1.3115	-0.1243	-0.0226	-0.0236	0.0454	0.0598	0.092	-0.1499	0.0085	0.0646	-0.0042	0.0224	0.0083	-0.0314	0.0252	-0.0153	22.1845	-1.7988	11.5789
4	0.5635	-0.6138	-0.5945	1.4736	-0.6871	2.84	-0.1582	0.0046	-0.0186	0.1123	0.1651	0.0201	-0.0245	-0.0815	-0.0069	-0.0212	0.0451	0.0019	-0.0262	0.0383	-0.0116	21.4782	-4.5884	16.9306
5	1.0296	3.6872	-3.2573	13.3287	-11.0806	13.0657	0.1075	0.0675	0.1576	0.6863	0.4708	0.5554	-0.7339	-0.7228	-0.5783	-0.004	0.1023	0.038	-0.0002	0.0662	0.0073	16.8983	2.1091	17.1009
6	1.2344	0.1693	-0.3552	2.7094	0.1945	0.1242	0.0145	-0.0352	-0.0885	-0.0315	-0.0294	-0.0655	-0.1684	0.1895	0.0149	0.0323	-0.0198	-0.0122	0.0152	0.032	-0.0358	32.4387	10.4215	-2.6095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	16 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	65 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	74 - 101

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