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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bef | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NDP KINASE COMPLEXED WITH MG, ADP, AND BEF3 | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASENucleoside-diphosphate kinase | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / BERYLLIUM FLUORIDE (フッ化ベリリウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / 無性生殖 / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / 無性生殖 / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / 分泌 / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / リボソーム / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Y.W. / Cherfils, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: AlF3 mimics the transition state of protein phosphorylation in the crystal structure of nucleoside diphosphate kinase and MgADP. 著者: Xu, Y.W. / Morera, S. / Janin, J. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bef.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bef.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bef | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE DICTYOSTELIUM NDP KINASE HEXAMER IS RECONSTITUTED FROM THE TRIMER IN THE ASYMMETRIC UNIT FROM CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRIES. THE POSITION OF BE++ WAS MODELLED IN TETRAHEDRAL CONFORMATION FROM THE ELECTRON DENSITY OF THE 3 FLUORINE ATOMS. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16816.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ADP, BEF3, MG++ 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: 100% IDENTITY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: HANGING DROP, SEEDING, 32% PEG550, 50MM TRIS PH 7.5, 20MM MGCL2, 25MM NAF, 1MM BECL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 20554 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 51271 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 20058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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