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万見
- PDB-2b3r: Crystal structure of the C2 domain of class II phosphatidylinosit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b3r
タイトルCrystal structure of the C2 domain of class II phosphatidylinositide 3-kinase C2
要素Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / C2 domain (C2ドメイン) / lipid binding (脂質) / PI3-kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of zinc ion transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / autophagosome organization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...negative regulation of zinc ion transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / autophagosome organization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / クラスリン / PI3キナーゼ / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / clathrin binding / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / エキソサイトーシス / phosphatidylinositol-mediated signaling / cellular response to starvation / phosphatidylinositol binding / オートファジー / ゴルジ体 / エンドサイトーシス / 遊走 / vesicle / リン酸化 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / C2ドメイン / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain ...PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / C2ドメイン / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, L. / Song, X. / He, D. / Komma, C. / Kita, A. / Verbasius, J.V. / Bellamy, H. / Miki, K. / Czech, M.P. / Zhou, G.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the C2 domain of class II phosphatidylinositide 3-kinase C2alpha.
著者: Liu, L. / Song, X. / He, D. / Komma, C. / Kita, A. / Virbasius, J.V. / Huang, G. / Bellamy, H.D. / Miki, K. / Czech, M.P. / Zhou, G.W.
履歴
登録2005年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
B: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5008
ポリマ－30,9232
非ポリマー5766
水4,107228
1
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7504
ポリマ－15,4621
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7504
ポリマ－15,4621
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
B: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
B: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,00016
ポリマ－61,8474
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area7210 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.365, 53.365, 200.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21B-301-

SO4

詳細Two molecules are related by an NCS symmetry. Two kinds of dimerization interfaces may be existing.

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide / Phosphoinositide 3-Kinase-C2-alpha / PtdIns-3-kinase C2 alpha / PI3K-C2alpha / Cpk-m / p170


分子量: 15461.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3c2a, Cpk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q61194, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6K, Li2SO4, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンCAMD GCPCC21.384
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1CCD
MARRESEARCH2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.3841
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13733 / Num. obs: 13692 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.232 695 randomly selected 5% of observed reflections
Rwork0.197 --
all0.198 13677 -
obs0.197 13622 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 30 228 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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