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- PDB-2b1w: Solution structure of the NOD1 Caspase Activating and Recruitment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b1w
タイトルSolution structure of the NOD1 Caspase Activating and Recruitment Domain
要素Caspase recruitment domain protein 4CARD domain
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / CARD4 / six-helix bundle / Caspase recruitment domain / inflammation (炎症) / NF-kB (NF-κB) / greek key
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / detection of biotic stimulus / positive regulation of xenophagy / xenophagy / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / CARD domain binding / peptidoglycan binding / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity ...positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / detection of biotic stimulus / positive regulation of xenophagy / xenophagy / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / CARD domain binding / peptidoglycan binding / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / detection of bacterium / JNK cascade / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / response to endoplasmic reticulum stress / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / ubiquitin binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / defense response / Interleukin-1 signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / basolateral plasma membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / 自然免疫系 / apoptotic process / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type ...NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / ロイシンリッチリピート / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, refinement in explicit water
データ登録者Manon, F. / Favier, A. / Simorre, J.P. / Cusack, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2007
タイトル: Solution structure of NOD1 CARD and mutational analysis of its interaction with the CARD of downstream kinase RICK.
著者: Manon, F. / Favier, A. / Nunez, G. / Simorre, J.P. / Cusack, S.
履歴
登録2005年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Database references / Other
改定 1.42020年2月26日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5201
ポリマ-14,5201
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Caspase recruitment domain protein 4 / CARD domain / Nod1 protein


分子量: 14519.569 Da / 分子数: 1 / 断片: CARD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD4 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y239

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1313D methyl selected NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4mM NOD1 CARD 15N, 13C; 25mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl, 5mM DTT; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21.4mM NOD1 CARD 15N; 25mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl, 5mM DTT; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7 / : ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3F.Delaglio, S.Grzesiek, G.W.Vuister, G.Zhu, J.Pfeifer, A.Bax解析
VNMR6.1CB.A.Johnson, R.A.Blevinscollection
CNS1.1構造決定
ARIA2M.Habeck, W.Rieping, J.P.Linge, M.Nilges構造決定
NMRDraw2.3F.Delaglio解析
ARIA2M.Habeck, W.Rieping, J.P.Linge, M.Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, refinement in explicit water
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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