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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2axt | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Photosystem II from Thermosynechococcus elongatus | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / photosystem / ps ii (光化学系II) / ps2 / membrane complex (生体膜) / transmembrane alpha-helix (膜貫通型ドメイン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チラコイド / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / : / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain ...チラコイド / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / : / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Loll, B. / Kern, J. / Saenger, W. / Zouni, A. / Biesiadka, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: NATURE / 年: 2005 タイトル: Towards complete cofactor arrangement in the 3.0 A resolution structure of photosystem II 著者: Loll, B. / Kern, J. / Saenger, W. / Zouni, A. / Biesiadka, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2axt.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2axt.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2axt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AaBbVvXx
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-344 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A445, UniProt: P0A444*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: GenBank: 11761354, UniProt: Q8DIQ1*PLUS #16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A386 #17: タンパク質 | 分子量: 10996.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) |
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-Photosystem II ... , 12種, 24分子 CcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuZz
#3: タンパク質 | 分子量: 51666.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: GenBank: 22295356, UniProt: Q8DIF8*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: GenBank: 22295355, UniProt: Q8CM25*PLUS #7: タンパク質 | 分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 26923.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIQ0 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q9F1L5 #18: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DHJ2 |
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-Cytochrome b559 ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-糖 , 2種, 14分子
#27: 糖 | ChemComp-LMT / #30: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 13種, 166分子
#19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-CLA / #21: 化合物 | ChemComp-PHO / #22: 化合物 | ChemComp-PQ9 / #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-BCR / #25: 化合物 | #26: 化合物 | ChemComp-SQD / #28: 化合物 | ChemComp-MGE / ( #29: 化合物 | ChemComp-UNK / #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-HEM / #33: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: PEG 2000, PIPES, magnesium chloride, pH 7.0, batch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 155380 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 14.83 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 73.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4628278.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.6527 Å2 / ksol: 0.303343 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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