PDB-2ark: Structure of a flavodoxin from Aquifex aeolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ark

タイトル

Structure of a flavodoxin from Aquifex aeolicus

要素

Flavodoxin

フラボドキシン

キーワード

ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) /

flavodoxin (フラボドキシン) /

Aquifex aeolicus / FMN /

structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

: / FMN binding /

electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Quartey, P. / Zhou, M. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a flavodoxin from Aquifex aeolicus
著者: Cuff, M.E. / Quartey, P. / Zhou, M. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE:1, 2 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 6 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ark.cif.gz	227.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ark.ent.gz	193.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ark.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/2ark ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/2ark	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gn6-5 6kxe-d 1gqg-2 6m7e-d 4uf7-1 6f9u-d 1xls-1 3ed7-1 1gqg-1 3n5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC22280

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Flavodoxin

B: Flavodoxin

C: Flavodoxin

D: Flavodoxin

E: Flavodoxin

F: Flavodoxin

ヘテロ分子

128 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flavodoxin

B: Flavodoxin

C: Flavodoxin

D: Flavodoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Flavodoxin

F: Flavodoxin

ヘテロ分子

E: Flavodoxin

F: Flavodoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
84.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.846, 112.846, 150.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

Unknown, but most likely the tetramer A,B,C,D.

#1: タンパク質	Flavodoxin / フラボドキシン分子量: 21072.107 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: fldA, floX / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67866
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na-HEPES, Na Citrate, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 105 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911, 0.97924

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月6日 / 詳細: SBC3

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97911	1
2	0.97924	1

反射

解像度: 2.4→36 Å / Num. all: 43827 / Num. obs: 43827 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.72 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
直接法		位相決定
Coot		モデル構築
O		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 16.522 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.269
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23519	2202	5 %	RANDOM
R_work	0.17079	-	-	-
all	0.17396	43765	-	-
obs	0.17396	41563	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0.9 Å²	0 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8633	0	66	420	9119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	8843
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.717	1.962	11878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.99	5	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.96	23.156	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.392	15	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.942	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	4473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	5937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.269	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.968	1.5	5599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.249	2	8671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.706	3	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.631	4.5	3207

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	149	-
R_work	0.225	3031	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1726	0.4254	0.2767	1.9199	-0.2291	2.8379	0.0423	-0.0853	0.1868	0.0931	-0.0007	0.1025	-0.3235	-0.2397	-0.0416	-0.0998	0.0474	0.0169	-0.1692	-0.0117	-0.1998	101.9727	77.9942	68.4892
2	1.9373	0.2688	-0.5745	1.9752	0.2676	2.8169	-0.0252	0.2496	0.0471	-0.2436	0.0517	0.1384	-0.0145	-0.3803	-0.0265	-0.1622	-0.0221	-0.0866	-0.023	0.0248	-0.2112	95.9913	67.0376	48.0485
3	2.3491	0.1465	0.0497	1.7638	0.4989	3.6712	0.1164	0.0159	-0.4954	0.1312	0.0232	-0.131	0.7528	0.298	-0.1396	0.0586	0.0899	-0.0849	-0.1541	-0.0107	-0.0401	117.9993	49.1923	62.9077
4	1.7056	0.343	0.9812	1.856	-0.1937	3.2695	0.0282	0.33	-0.042	-0.192	0.0434	-0.2748	-0.097	0.8063	-0.0716	-0.2038	-0.053	0.0421	0.1568	-0.0694	-0.1042	129.0539	68.4178	53.5126
5	3.1924	-0.5267	-0.7265	2.5438	-0.0238	3.4315	-0.0393	-0.2192	0.6783	0.1417	0.0768	-0.5851	-0.1736	0.6038	-0.0375	-0.1993	-0.0796	-0.0228	-0.0178	-0.1061	0.1737	72.0786	102.7036	80.0249
6	2.8861	-0.6349	0.0076	2.4274	-0.5681	3.1592	0.0411	0.3611	-0.1476	-0.2152	-0.0273	0.0382	0.4958	-0.0455	-0.0138	-0.009	-0.0506	0.057	-0.1725	-0.0838	-0.1878	54.0756	81.0465	65.1059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 184	1 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	501	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	-1 - 184	2 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	H	502	1
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	0 - 185	3 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	I	503	1
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	-2 - 184	1 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	J	504	1
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 185	4 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	K	505	1
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	0 - 184	3 - 187
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	L	506	1

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新型コロナ情報

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