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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aqh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Isoniazid-resistant I21V Enoyl-ACP(CoA) reductase mutant enzyme from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADH | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Oliveira, J.S. / Pereira, J.H. / Rodrigues, N.C. / Canduri, F. / de Souza, O.N. / Basso, L.A. / de Azevedo Jr., W.F. / Santos, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystallographic and Pre-steady-state Kinetics Studies on Binding of NADH to Wild-type and Isoniazid-resistant Enoyl-ACP(CoA) Reductase Enzymes from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Oliveira, J.S. / Pereira, J.H. / Canduri, F. / Rodrigues, N.C. / de Souza, O.N. / de Azevedo Jr., W.F. / Basso, L.A. / Santos, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aqh.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aqh.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28540.754 Da / 分子数: 1 / 変異: I21V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) プラスミド: pET-23d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.05M Sodium citrate, 0.05M Hepes, 8-15% 2-Methyl-2-4-pentanediol (MPD), pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.431 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→41.56 Å / Num. all: 25398 / Num. obs: 25398 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.25 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.461 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.325 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→41.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
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