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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aoh | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of HIV-1 Protease mutant V82A with a substrate analog P6-PR | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 PROTEASE / MUTANT (ミュータント (人類)) / DIMER / SUBSTRATE ANALOG / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA stem-loop binding / 宿主 / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...RNA stem-loop binding / 宿主 / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Tie, Y. / Boross, P.I. / Wang, Y.F. / Gaddis, L. / Liu, F. / Chen, X. / Tozser, J. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2005 タイトル: Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs. 著者: Tie, Y. / Boross, P.I. / Wang, Y.F. / Gaddis, L. / Liu, F. / Chen, X. / Tozser, J. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aoh.cif.gz | 111.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aoh.ent.gz | 85.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aoh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/2aoh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/2aoh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10712.623 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE (RETROPEPSIN) / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (BH5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1Subtypes of HIV / 株: BH5 isolate / 遺伝子: POL / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04587, HIV-1 retropepsin #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1093.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS SEQUENCE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED AND IS ANALOGOUS TO THE P6-PR PROCESSING SITE IN HIV-1. #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: AMMONIUM SULFATE 30%, DMSO 7%,SODIUM ACETATE BUFFER, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→50 Å / Num. all: 45584 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DAZ 解像度: 1.42→10 Å / Num. parameters: 17821 / Num. restraintsaints: 22932 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1788.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→10 Å
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拘束条件 |
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