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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2adm | |||||||||
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タイトル | ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI | |||||||||
要素 | ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI | |||||||||
キーワード | METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / TRANSFERASE (転移酵素) / RESTRICTION SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / メチル化 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Schluckebier, G. / Saenger, W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Differential binding of S-adenosylmethionine S-adenosylhomocysteine and Sinefungin to the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI. 著者: Schluckebier, G. / Kozak, M. / Bleimling, N. / Weinhold, E. / Saenger, W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Universal Catalytic Domain Structure of Adomet-Dependent Methyltransferases 著者: Schluckebier, G. / O'Gara, M. / Saenger, W. / Cheng, X. #2: ジャーナル: Gene / 年: 1995 タイトル: A Model for DNA Binding and Enzyme Action Derived from Crystallographic Studies of the TaqI N6-Adenine-Methyltransferase 著者: Schluckebier, G. / Labahn, J. / Granzin, J. / Schildkraut, I. / Saenger, W. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Adenine-Specific DNA Methyltransferase M.Taq I in Complex with the Cofactor S-Adenosylmethionine 著者: Labahn, J. / Granzin, J. / Schluckebier, G. / Robinson, D.P. / Jack, W.E. / Schildkraut, I. / Saenger, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2adm.cif.gz | 167.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2adm.ent.gz | 132.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2adm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/2adm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/2adm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99979, 0.02029, -0.00367), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47931.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-ADENOSYL-METHIONINE AS LIGAND 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 遺伝子: TAQ / プラスミド: PPR594 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER1821 / 参照: UniProt: P14385, Damメチラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 37305 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 220712 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.3 |