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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ab5 | ||||||
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タイトル | bI3 LAGLIDADG Maturase | ||||||
要素 | mRNA maturase | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / maturase / LAGLIDADG endonuclease / group I intron splicing / RNA binding (リボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial mRNA processing / Group I intron splicing / respiratory electron transport chain / endonuclease activity / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / ミトコンドリア / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Longo, A. / Leonard, C.W. / Bassi, G.S. / Berndt, D. / Krahn, J.M. / Hall, T.M. / Weeks, K.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Evolution from DNA to RNA recognition by the bI3 LAGLIDADG maturase 著者: Longo, A. / Leonard, C.W. / Bassi, G.S. / Berndt, D. / Krahn, J.M. / Hall, T.M. / Weeks, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ab5.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ab5.ent.gz | 100.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ab5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32737.699 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal insertion of MGHHHHH / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: cytochrome b intron bi3 / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q36758, UniProt: Q9ZZW7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: n-tetradecyl-beta-D-maltoside, PEG MME 5000, Ammonium sulfate, MES, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30022 / Num. obs: 30022 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.51 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 2858 / Χ2: 1.028 / % possible all: 94.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The MAD data was used for phasing and not for refinement
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Flat Model / Bsol: 63.411 Å2 / ksol: 0.3715 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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