+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ab5 | ||||||
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Title | bI3 LAGLIDADG Maturase | ||||||
Components | mRNA maturase | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / maturase / LAGLIDADG endonuclease / group I intron splicing / RNA binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information mitochondrial mRNA processing / Group I intron splicing / respiratory electron transport chain / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / mitochondrion / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Longo, A. / Leonard, C.W. / Bassi, G.S. / Berndt, D. / Krahn, J.M. / Hall, T.M. / Weeks, K.M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2005 Title: Evolution from DNA to RNA recognition by the bI3 LAGLIDADG maturase Authors: Longo, A. / Leonard, C.W. / Bassi, G.S. / Berndt, D. / Krahn, J.M. / Hall, T.M. / Weeks, K.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ab5.cif.gz | 121.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ab5.ent.gz | 100.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ab5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 32737.699 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal insertion of MGHHHHH Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: cytochrome b intron bi3 / Plasmid: pET19b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q36758, UniProt: Q9ZZW7*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 50.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: n-tetradecyl-beta-D-maltoside, PEG MME 5000, Ammonium sulfate, MES, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 30022 / Num. obs: 30022 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 2.51 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 2858 / Χ2: 1.028 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: The MAD data was used for phasing and not for refinement
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Solvent computation | Solvent model: Flat Model / Bsol: 63.411 Å2 / ksol: 0.3715 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.39 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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Xplor file |
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