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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a58 | ||||||
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タイトル | Structure of 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine synthase from Schizosaccharomyces pombe mutant W27Y with bound riboflavin | ||||||
要素 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseLumazine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / 6 / 7-Dimethyl-8-ribityllumazine synthase / riboflavin (リボフラビン) / riboflavin biosynthesis (リボフラビン) / LUSY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 riboflavin synthase activity / riboflavin binding / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Koch, M. / Breithaupt, C. / Gerhardt, S. / Haase, I. / Weber, S. / Cushman, M. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004 タイトル: Structural basis of charge transfer complex formation by riboflavin bound to 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 著者: Koch, M. / Breithaupt, C. / Gerhardt, S. / Haase, I. / Weber, S. / Cushman, M. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a58.cif.gz | 149.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a58.ent.gz | 119.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/2a58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/2a58 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological asembly is the pentamer found in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17183.756 Da / 分子数: 5 / 変異: W27Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: rib4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UUB1, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-RBF / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium citrate, ammonium dihydrogen phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 67997 / Num. obs: 25184 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 91.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 38.498 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.558 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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