PDB-2a2e: Crystal structure of the RNA subunit of Ribonuclease P. Bacterial...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a2e

タイトル

Crystal structure of the RNA subunit of Ribonuclease P. Bacterial A-type.

要素

RNA subunit of RNase P

リボ核酸

キーワード

RNA (リボ核酸) /

rnase p (リボヌクレアーゼP) / ribonuclease p rna / p rna /

ribozyme (リボザイム) /

trna (転移RNA) / pre-trna /

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) / tetraloop-receptor / T-loop / coaxial helices / ribose zippers

機能・相同性

OSMIUM ION /

リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.85 Å

データ登録者

Torres-Larios, A. / Swinger, K.K. / Krasilnikov, A.S. / Pan, T. / Mondragon, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the RNA component of bacterial ribonuclease P.
著者: Torres-Larios, A. / Swinger, K.K. / Krasilnikov, A.S. / Pan, T. / Mondragon, A.

履歴

登録	2005年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年12月28日	Group: Advisory
改定 1.4	2020年1月22日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: database_PDB_caveat / ndb_struct_conf_na ...database_PDB_caveat / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.5	2021年7月28日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: refine / refine_ls_shell / struct_site Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

Remark 999

SEQUENCE SEE REMARK 3, OTHER REFINEMENT REMARKS, FOR DETAILS REGARDING SOME LONG P-O3* BOND DISTANCES.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a2e.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a2e.ent.gz	105.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u9sS 1nbs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yg8-d 5v3i-d 4r4p-d 4liq-d 1olm-d 4r4v-d 4n0u-d 6wrw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (2)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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類似性 (1)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA subunit of RNase P

ヘテロ分子

113 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.277, 85.231, 101.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: RNA鎖	RNA subunit of RNase P / リボ核酸分子量: 109668.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in Thermotoga maritima. The RNA was prepared by in vitro transcrption.
#2: 化合物	ChemComp-OS / OSMIUM ION / オスミウム分子量: 190.230 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% MPD, 200 mM KCl, 5 mM SrCl2, 50 mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	APS	5ID-B	1	1.13974
シンクロトロン	APS	5ID-B	2	1.14079
シンクロトロン	APS	5ID-B	3	1.105
シンクロトロン	APS	5ID-B	4	1.13974

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2004年11月11日	mirrors
MARRESEARCH	2	CCD	2004年11月11日	mirrors
MARRESEARCH	3	CCD	2004年11月11日	mirrors
marccd	4	CCD	2004年11月11日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SI mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SI mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SI mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
4	SI mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.13974	1
2	1.14079	1
3	1.105	1

Reflection

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
4.2	1	7.9	12565	0.084	0.084	4.05	19.91	98.7
4.2	2	7.9	12565	0.084	0.084	4.05	19.91	98.7
4.2	3	7.9	12565	0.084	0.084	4.05	19.91	98.7
2.7	4	11.5	13927	0.06	0.06	3.85	21.05	97.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
15.49	19.91	52.9	1	0.034	0.034	3.8
10.95	15.49	99.4	1	0.03	0.03	4.1
8.94	10.95	98.8	1	0.04	0.04	4.1
7.75	8.94	100	1	0.043	0.043	4.3
6.93	7.75	100	1	0.05	0.05	4.5
6.32	6.93	99.9	1	0.064	0.064	4.4
5.86	6.32	100	1	0.081	0.081	4.5
5.48	5.86	100	1	0.097	0.097	4.4
5.16	5.48	99.8	1	0.115	0.115	4.4
4.9	5.16	99.8	1	0.15	0.15	4.3
4.67	4.9	99.9	1	0.183	0.183	4.3
4.47	4.67	100	1	0.222	0.222	4.2
4.3	4.47	99.9	1	0.241	0.241	4.2
4.14	4.3	99.7	1	0.275	0.275	3.9
4.05	4.14	95	1	0.286	0.286	3.8
15.49	19.91	52.9	2	0.034	0.034	3.8
10.95	15.49	99.4	2	0.03	0.03	4.1
8.94	10.95	98.8	2	0.04	0.04	4.1
7.75	8.94	100	2	0.043	0.043	4.3
6.93	7.75	100	2	0.05	0.05	4.5
6.32	6.93	99.9	2	0.064	0.064	4.4
5.86	6.32	100	2	0.081	0.081	4.5
5.48	5.86	100	2	0.097	0.097	4.4
5.16	5.48	99.8	2	0.115	0.115	4.4
4.9	5.16	99.8	2	0.15	0.15	4.3
4.67	4.9	99.9	2	0.183	0.183	4.3
4.47	4.67	100	2	0.222	0.222	4.2
4.3	4.47	99.9	2	0.241	0.241	4.2
4.14	4.3	99.7	2	0.275	0.275	3.9
4.05	4.14	95	2	0.286	0.286	3.8
15.49	19.91	52.9	3	0.034	0.034	3.8
10.95	15.49	99.4	3	0.03	0.03	4.1
8.94	10.95	98.8	3	0.04	0.04	4.1
7.75	8.94	100	3	0.043	0.043	4.3
6.93	7.75	100	3	0.05	0.05	4.5
6.32	6.93	99.9	3	0.064	0.064	4.4
5.86	6.32	100	3	0.081	0.081	4.5
5.48	5.86	100	3	0.097	0.097	4.4
5.16	5.48	99.8	3	0.115	0.115	4.4
4.9	5.16	99.8	3	0.15	0.15	4.3
4.67	4.9	99.9	3	0.183	0.183	4.3
4.47	4.67	100	3	0.222	0.222	4.2
4.3	4.47	99.9	3	0.241	0.241	4.2
4.14	4.3	99.7	3	0.275	0.275	3.9
4.05	4.14	95	3	0.286	0.286	3.8
17.22	21.05	12.9	4	0.043	0.043	1.3
12.17	17.22	82.6	4	0.022	0.022	2.3
9.94	12.17	98.1	4	0.024	0.024	2.6
8.61	9.94	97.5	4	0.037	0.037	2.7
7.7	8.61	98.2	4	0.032	0.032	2.7
7.03	7.7	98.2	4	0.033	0.033	2.8
6.51	7.03	98.5	4	0.038	0.038	2.8
6.09	6.51	98.4	4	0.042	0.042	2.7
5.74	6.09	98.7	4	0.046	0.046	2.7
5.44	5.74	98.3	4	0.05	0.05	2.7
5.19	5.44	98.9	4	0.059	0.059	2.7
4.97	5.19	99	4	0.073	0.073	2.7
4.78	4.97	98.3	4	0.088	0.088	2.7
4.6	4.78	99	4	0.101	0.101	2.7
4.45	4.6	98.5	4	0.123	0.123	2.7
4.3	4.45	99	4	0.141	0.141	2.7
4.18	4.3	98.4	4	0.171	0.171	2.6
4.06	4.18	98	4	0.176	0.176	2.6
3.95	4.06	98	4	0.195	0.195	2.6
3.85	3.95	98.9	4	0.231	0.231	2.6

反射

解像度: 3.85→21.05 Å / Num. all: 14328 / Num. obs: 13927 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

解像度: 3.85→3.95 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 1046 / Num. unique all: 1046 / R_sym value: 0.231 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Translation	4.5 Å	11.998 Å

Phasing MIR

解像度: 3.85→14.98 Å / FOM acentric: 0.45 / FOM centric: 0.385 / Reflection acentric: 12936 / Reflection centric: 745

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 3.85→14.98 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Der set-ID	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	1	11795	682
ISO_2	0.685	0.752	2	11751	633
ISO_3	0.635	0.751	3	11499	608
ISO_4	0.889	0.876	4	11403	619

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	R cullis acentric	R cullis centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.01	14.98	ISO_1	0	0	739	87
7.04	9.01	ISO_1	0	0	1120	78
5.97	7.04	ISO_1	0	0	1433	92
5.27	5.97	ISO_1	0	0	1633	101
4.78	5.27	ISO_1	0	0	1842	97
4.4	4.78	ISO_1	0	0	2027	101
4.1	4.4	ISO_1	0	0	2148	89
3.85	4.1	ISO_1	0	0	853	37
9.01	14.98	ISO_2	0.681	0.722	739	86
7.04	9.01	ISO_2	0.744	0.769	1120	76
5.97	7.04	ISO_2	0.731	0.755	1433	91
5.27	5.97	ISO_2	0.672	0.746	1633	98
4.78	5.27	ISO_2	0.695	0.736	1839	84
4.4	4.78	ISO_2	0.668	0.762	2027	95
4.1	4.4	ISO_2	0.642	0.735	2140	73
3.85	4.1	ISO_2	0.714	0.802	820	30
9.01	14.98	ISO_3	0.569	0.683	699	76
7.04	9.01	ISO_3	0.648	0.905	1097	71
5.97	7.04	ISO_3	0.679	0.849	1411	84
5.27	5.97	ISO_3	0.674	0.757	1608	94
4.78	5.27	ISO_3	0.687	0.729	1807	85
4.4	4.78	ISO_3	0.664	0.738	1988	93
4.1	4.4	ISO_3	0.621	0.839	2072	75
3.85	4.1	ISO_3	0.66	0.777	817	30
9.01	14.98	ISO_4	0.811	0.883	734	86
7.04	9.01	ISO_4	0.813	0.868	1120	78
5.97	7.04	ISO_4	0.817	0.84	1432	91
5.27	5.97	ISO_4	0.807	0.796	1632	97
4.78	5.27	ISO_4	0.867	0.845	1839	83
4.4	4.78	ISO_4	0.905	0.874	2025	90
4.1	4.4	ISO_4	1.003	0.941	2140	73
3.85	4.1	ISO_4	1.05	0.947	481	21

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.01-14.98	0.874	0.688	742	87
7.04-9.01	0.792	0.627	1124	78
5.97-7.04	0.68	0.506	1433	92
5.27-5.97	0.563	0.424	1633	103
4.78-5.27	0.442	0.331	1842	99
4.4-4.78	0.365	0.268	2027	101
4.1-4.4	0.294	0.229	2150	91
3.85-4.1	0.1	0.077	1985	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1U9S

1u9s

解像度: 3.85→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
詳細: No bulk solvent correction applied. Only the phosphate backbone was traced (phosphate atom only) for nucleotides 39, 45-48, 52, 62-63, 68, 207, 212-214, 262-267, 288-297 and 305-314. There ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3617	602	-	RANDOM
R_work	0.3441	-	-	-
all	0.363	12980	-	-
obs	0.356	12652	97.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.165 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.85→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	5758	17	0	5775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.87
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	2.14
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	18

LS精密化シェル

解像度: 3.85→4.01 Å / R_factor R_free error: 0.051

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	55	5.7 %
R_work	0.377	903	-
obs	-	-	59 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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