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- PDB-1zrf: 4 crystal structures of CAP-DNA with all base-pair substitutions ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zrf
タイトル4 crystal structures of CAP-DNA with all base-pair substitutions at position 6, CAP-[6C;17G]ICAP38 DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*T)-3'
  • Catabolite gene activator
キーワードGENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / CAP / CAP-DNA / CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / CAMP RECEPTOR PROTEIN / CRP / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / 1,4-ジオキサン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Berman, H.M. / Napoli, A.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Indirect readout of DNA sequence at the primary-kink site in the CAP-DNA complex: recognition of pyrimidine-purine and purine-purine steps.
著者: Napoli, A.A. / Lawson, C.L. / Ebright, R.H. / Berman, H.M.
履歴
登録2005年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: 5'-D(*AP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
X: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*T)-3'
Y: 5'-D(*AP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
Z: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*T)-3'
A: Catabolite gene activator
B: Catabolite gene activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,13315
ポリマ－70,3766
非ポリマー1,7579
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.778, 77.745, 154.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 WYXZ

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*AP*T)-3'


分子量: 5234.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*AP*T)-3'


分子量: 6412.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / cAMP-regulatory protein


分子量: 23541.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: crp, cap, csm / プラスミド: pAKCRP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ACJ8

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非ポリマー , 3種, 275分子

#4: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#5: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 2mM cAMP, 0.1M MES, 0.2M NaCl, 0.05M MgCl2, 5% PEG 8000, 15% Dioxane, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cAMP11
2MES11
3NaCl塩化ナトリウム11
4MgCl211
5PEG 800011
6Dioxane1,4-ジオキサン11
7H2O11
8cAMP12
9MES12
10NaCl塩化ナトリウム12
11MgCl212
12PEG 800012
13H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.9 Å / Num. all: 44370 / Num. obs: 42032 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 2.407
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2
2.1-2.1899.15.50.88642031.914
2.18-2.26995.90.70642011.935
2.26-2.3798.56.30.59542071.967
2.37-2.4998.16.50.50141891.991
2.49-2.6597.36.60.34541712.059
2.65-2.8596.76.70.23741512.115
2.85-3.14966.70.1541352.29
3.14-3.5996.16.50.0841782.707
3.59-4.5296.26.30.05742093.415
4.52-5096.56.30.0544503.529

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation2.5 Å32.746 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZRC, with only central 20 bps

1zrc


解像度: 2.1→32.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 4239 10.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.242 44200 --
obs0.242 42032 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 66.9361 Å2 / ksol: 0.384069 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å20 Å2
2---3.3 Å20 Å2
3---7.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3186 1484 118 266 5054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.1-2.20.3464349.90.29339640.01780.6
2.2-2.310.28358010.80.25948060.01298.6
2.31-2.460.305533100.24648170.01398.2
2.46-2.650.28356210.50.23747870.01297.7
2.65-2.920.3095269.90.23748020.01396.5
2.92-3.340.2425159.80.22147630.01195.9
3.34-4.20.2454310.20.19347900.0195.8
4.2-32.90.2575469.70.22650640.01196.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dox_xplor_par.txtdox_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION4cmp.parcmp_top.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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