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- PDB-1zq3: NMR Solution Structure of the Bicoid Homeodomain Bound to the Con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zq3
タイトルNMR Solution Structure of the Bicoid Homeodomain Bound to the Consensus DNA Binding Site TAATCC
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*G)-3'
  • Homeotic bicoid protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DOUBLE HELIX / HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / HOMEODOMAIN (ホメオボックス) / DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / K50 / RECOGNITION HELIX / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / TRANSLATIONAL CONTROL / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


anterior region determination / maternal determination of anterior/posterior axis, embryo / torso signaling pathway / segment polarity determination / anterior/posterior axis specification, embryo / anterior/posterior axis specification / oogenesis / translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / negative regulation of translation ...anterior region determination / maternal determination of anterior/posterior axis, embryo / torso signaling pathway / segment polarity determination / anterior/posterior axis specification, embryo / anterior/posterior axis specification / oogenesis / translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / negative regulation of translation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeotic protein bicoid / Homeotic protein bicoid
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / protein structure - fast torsion angle dynamics algorithm (CYANA2.0), DNA structure - NUCGEN, simulated annealing with NMR-derived energy restraints (AMBER7.0), protein-DNA complex - simulated annealing with NMR-derived energy restraints (AMBER7.0), protein-DNA complex refinement - explicit solvent MD simulations (AMBER7.0)
データ登録者Baird-Titus, J.M. / Rance, M. / Clark-Baldwin, K. / Ma, J. / Vrushank, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The solution structure of the native K50 Bicoid homeodomain bound to the consensus TAATCC DNA-binding site.
著者: Baird-Titus, J.M. / Clark-Baldwin, K. / Dave, V. / Caperelli, C.A. / Ma, J. / Rance, M.
履歴
登録2005年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
P: Homeotic bicoid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9073
ポリマ－15,9073
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #3closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*G)-3'


分子量: 3887.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CONSENSUS DNA BINDING SITE SENSE STRAND
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 4056.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CONSENSUS DNA BINDING SITE ANTI-SENSE STRAND
#3: タンパク質 Homeotic bicoid protein / PRD-4


分子量: 7963.067 Da / 分子数: 1 / Fragment: Homeodomain (residues 97-163) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: bcd / プラスミド: pET41a-Novagen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: Q9UAM0, UniProt: P09081*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
1412D NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM Bicoid Homeodomain (15N/13C), 1mM Duplex DNA (unlabeled), 10mM phosphate buffer, pH 7.0, 1mM DTT, 1mM PMSF, 1mM EDTA, 1mM sodium azide, 0.3mM leupeptin, 0.2mM pefabloc (Roche), 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Peter Guntert構造決定
Amber7D.A. Case, T.A. Darden, T.E. Cheatham, III, C.L. Simmerling, J. Wang, R.E. Duke, R. Luo, K.M. Merz, B. Wang, D.A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J.W. Caldwell, W.S. Ross, and P.A. Kollman.精密化
Sparky3.109T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
NMRPipeF. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
精密化手法: protein structure - fast torsion angle dynamics algorithm (CYANA2.0), DNA structure - NUCGEN, simulated annealing with NMR-derived energy restraints (AMBER7.0), protein-DNA complex - ...手法: protein structure - fast torsion angle dynamics algorithm (CYANA2.0), DNA structure - NUCGEN, simulated annealing with NMR-derived energy restraints (AMBER7.0), protein-DNA complex - simulated annealing with NMR-derived energy restraints (AMBER7.0), protein-DNA complex refinement - explicit solvent MD simulations (AMBER7.0)
ソフトェア番号: 1
詳細: 1724 total restraints used, 1076 protein distance restraints(NOESY), 34 protein hydrogen bond restraints(3D NOESY ,i-i+4), 134 angle restraints(HNHA), 192 DNA distance restraints(2D NOESY), ...詳細: 1724 total restraints used, 1076 protein distance restraints(NOESY), 34 protein hydrogen bond restraints(3D NOESY ,i-i+4), 134 angle restraints(HNHA), 192 DNA distance restraints(2D NOESY), 55 watson-crick restraints(B-DNA), 200 DNA angle restraints(B-DNA), 33 protein-DNA distance restraints (2D NOESY)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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