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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zkb | ||||||
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タイトル | Zinc-free Engineered maltose binding protein | ||||||
要素 | Maltose-binding periplasmic protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING (砂糖) / METAL BINDING PROTEIN / Engineered maltose binding protein / zinc binding mutant / ABC transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Telmer, P.G. / Shilton, B.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Structural studies of an engineered zinc biosensor reveal an unanticipated mode of zinc binding. 著者: Telmer, P.G. / Shilton, B.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zkb.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zkb.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zkb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40712.098 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 27-396 / 変異: A66H, R63H, E111M, Y155E, W340E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE / プラスミド: pLH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HS3309 / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 2000 MME, sodium acetate, Tris-HcL, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 17048 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.753 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Num. measured obs: 1661 / Χ2: 0.791 / % possible all: 93.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OMP 解像度: 2.2→37.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 21.1991 Å2 / ksol: 0.334044 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.75 Å2 / Biso mean: 19.75 Å2 / Biso min: 3.36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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