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- PDB-1zgo: High Resolution Crystal Structure of the Discosoma Red Fluorescen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgo
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of the Discosoma Red Fluorescent Protein (DsRed)
要素Red fluorescent protein drFP583
キーワードLUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / RFP / red / fluorescent protein (蛍光タンパク質) / DsRed / drFP583 / chromophore (発色団) / GFP / coral (サンゴ) / beta barrel (Βバレル) / beta can
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystallographic structures of discosoma red fluorescent protein with immature and mature chromophores: linking Peptide bond trans-cis isomerization and acylimine formation in chromophore maturation.
著者: Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2005年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE RESIDUES GLN 66, TYR 67, GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHORE CRQ 66.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583
C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7944
ポリマ－103,7944
非ポリマー00
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9340 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area31780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.717, 127.221, 57.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein drFP583 / DsRed


分子量: 25948.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Single crystal Si(220); cylindrically bent
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40 Å / Num. all: 153198 / Num. obs: 148353 / % possible obs: 96.8 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→40 Å / Num. parameters: 69807 / Num. restraintsaints: 88146 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: The Phe 65-Crq 66 peptide bond has been refined as a mixture of two conformations: the standard trans conformation and the cis conformation, unique to the mature DsRed chromophore.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 7039 -RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.143 140833 --
obs0.143 132400 92 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7683.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7219 0 0 535 7754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0295
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.066
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.069

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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