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- PDB-1yxj: Crystal structure of human lectin-like oxidized low-density lipop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yxj
タイトルCrystal structure of human lectin-like oxidized low-density lipoprotein receptor 1 (LOX-1) at low pH
要素oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / C-type lectin-like domain / LOX-1 / CTLD / Scavenger receptor / Oxidized LDL receptor / NK cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / 循環器 / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / 循環器 / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / 炎症 / 脂質ラフト / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / タンパク質分解 / extracellular region / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ly49-like, N-terminal / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...Ly49-like, N-terminal / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Ohki, I. / Ishigaki, T. / Oyama, T. / Matsunaga, S. / Xie, Q. / Ohnishi-Kameyama, M. / Murata, T. / Tsuchiya, D. / Machida, S. / Morikawa, K. / Tate, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of human lectin-like, oxidized low-density lipoprotein receptor 1 ligand binding domain and its ligand recognition mode to OxLDL.
著者: Ohki, I. / Ishigaki, T. / Oyama, T. / Matsunaga, S. / Xie, Q. / Ohnishi-Kameyama, M. / Murata, T. / Tsuchiya, D. / Machida, S. / Morikawa, K. / Tate, S.
履歴
登録2005年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1
B: oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2014
ポリマ－30,0772
非ポリマー1242
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.636, 68.828, 79.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1 / LOX-1


分子量: 15038.652 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78380
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: Citrate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 33424 / % possible obs: 99.6 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.78→28.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 279086.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1597 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 32025 95.6 %-
all-33450 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.5479 Å2 / ksol: 0.429383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.42 Å20 Å20 Å2
2---3.76 Å20 Å2
3----2.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→28.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 8 207 2291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.732.5
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 241 5 %
Rwork0.261 4598 -
obs--88.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4EGL_XPLOR_PARAMEGL_XPLOR_TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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