PDB-1yx0: Solution Structure of Bacillus subtilis Protein ysnE: The Northea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yx0

タイトル

Solution Structure of Bacillus subtilis Protein ysnE: The Northeast Structural Genomics Consortium Target SR220

要素

hypothetical protein ysnE

仮説

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / NESG / GFT NMR / Structral Genomics / SR220 / PSI /

Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics

データ登録者

Liu, G. / Ma, L. / Shen, Y. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Bacillus subtilis Protein ysnE
著者: Liu, G. / Ma, L. / Shen, Y. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.

履歴

登録	2005年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yx0.cif.gz	919.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yx0.ent.gz	797.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/1yx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/1yx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5qul-2 2akp-1 1sul-1 2lb5-d 1vkc-3 4p7b-2 2cdn-d 2g0b-5 3sd9-2 2g0b-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: SR220

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: hypothetical protein ysnE

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	hypothetical protein ysnE / 仮説分子量: 18148.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 生物種: Bacillus subtilis枯草菌 / 株: subsp. subtilis str. 168 / 遺伝子: ysnE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 16079885, UniProt: P94562*PLUS

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	GFT (4,3)D HNNCABCA
1	2	1	GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
1	3	1	GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
1	4	1	GFT (4,3) (H)CCH
1	5	1	Simultaneous Heteronuclear Resolved [1H,1H]-NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using GFT NMR techniques.

-
試料調製

詳細	内容: NMR Buffer 6.5 -- 5% D2O, 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.5 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guentert, P.	構造決定
NMRPipe	2.3	Delaglio, F.	解析
XEASY	1.3.1.3	Bartels, C	データ解析
DYANA	1.5	Guentert	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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