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- PDB-1yvy: Crystal structure of Anaerobiospirillum succiniciproducens phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yvy
タイトルCrystal structure of Anaerobiospirillum succiniciproducens phosphoenolpyruvate carboxykinase
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP]
キーワードLYASE (リアーゼ) / p-loop (Walkerモチーフ) / domain movement / kinase (キナーゼ) / succinate (コハク酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity / 糖新生 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, ATP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP), conserved site / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, ATP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP), conserved site / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)
類似検索 - 構成要素
生物種Anaerobiospirillum succiniciproducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cotelesage, J.J. / Prasad, L. / Zeikus, J.G. / Laivenieks, M. / Delbaere, L.T.
引用ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of Anaerobiospirillum succiniciproducens PEP carboxykinase reveals an important active site loop.
著者: Cotelesage, J.J. / Prasad, L. / Zeikus, J.G. / Laivenieks, M. / Delbaere, L.T.
履歴
登録2005年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年9月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP]
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4192
ポリマ－117,4192
非ポリマー00
水3,531196
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7101
ポリマ－58,7101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7101
ポリマ－58,7101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.659, 55.734, 139.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] / PEP carboxykinase / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK


分子量: 58709.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaerobiospirillum succiniciproducens (バクテリア)
遺伝子: pckA / プラスミド: pProEX-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha
参照: UniProt: O09460, phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG MME 5000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
詳細: Diamond (111) double-crystal monochromator Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 43637 / Num. obs: 35963 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3980 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 1810 RANDOM
Rwork0.221 --
all0.219 38295 -
obs0.219 35963 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7621 0 0 196 7817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d60
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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