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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yub | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF AN RRNA METHYLTRANSFERASE (ERMAM) THAT CONFERS MACROLIDE-LINCOSAMIDE-STREPTOGRAMIN ANTIBIOTIC RESISTANCE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE | ||||||
要素 | RRNA METHYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / ERM / ERMAM / MLS ANTIBIOTICS / RRNA (リボソームRNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase / 23S rRNA (adenine(2085)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / response to antibiotic / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DG, SA | ||||||
データ登録者 | Yu, L. / Petros, A.M. / Schnuchel, A. / Zhong, P. / Severin, J.M. / Walter, K. / Holzman, T.F. / Fesik, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Solution structure of an rRNA methyltransferase (ErmAM) that confers macrolide-lincosamide-streptogramin antibiotic resistance. 著者: Yu, L. / Petros, A.M. / Schnuchel, A. / Zhong, P. / Severin, J.M. / Walter, K. / Holzman, T.F. / Fesik, S.W. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Erratum. Solution Structure of an Rrna Methyltransferase (Ermam) that Confers Macrolide-Lincosamide-Streptogramin Antibiotic Resistance 著者: Yu, L. / Petros, A.M. / Schnuchel, A. / Zhong, P. / Severin, J.M. / Walter, K. / Holzman, T.F. / Fesik, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yub.cif.gz | 102.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yub.ent.gz | 80.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yub.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/1yub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/1yub | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28862.568 Da / 分子数: 1 / 変異: I75T, S100N, H118R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: 5728, A CLINICAL ISOLATE FROM ABBOTT CULTURE COLLECTION 細胞株: BL21 / 遺伝子: ERM / プラスミド: PET-24(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): ERM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P21236, EC: 2.1.1.48 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
試料状態 | イオン強度: 50 mM SODIUM PHOSPHATE, 100 mM NACL / pH: 6.5 / 温度: 303 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: DG, SA / ソフトェア番号: 1 詳細: THE TOTAL NUMBER OF DISTANCE RESTRAINTS USED WAS 3259. THE TOTAL NUMBER OF TORSIONAL RESTRAINTS USED WAS 63. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |