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- PDB-1ylo: Crystal Structure of Protein of Unknown Function (Possible Aminop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ylo | ||||||
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Title | Crystal Structure of Protein of Unknown Function (Possible Aminopeptidase) S2589 from Shigella flexneri 2a str. 2457T | ||||||
![]() | hypothetical protein SF2450![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B.P. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of hypothetical protein from Shigella flexneri 2a. Authors: Nocek, B.P. / Binkowski, A. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 406.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 348.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 38313.859 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Species: Shigella flexneri ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.2 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 150 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 157807 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.23 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.515 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.152→2.208 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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