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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yhf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Conserved SPY1581 Protein of Unknown Function from Streptococcus pyogenes | ||||||
![]() | hypothetical protein SPy1581![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Lezondra, L. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of conserved hypothetical SPy1581 protein from Streptococcus pyogenes. 著者: Osipiuk, J. / Lezondra, L. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 12931.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: M1 GAS / 遺伝子: SPy1581 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / pH: 4.5 詳細: 30% PEG 3000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 4.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 8535 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 33.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / % possible all: 94.8 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: ALL DATA WERE USED IN FINAL ROUND OF REFINEMENT. R-FACTOR-ALL CORRESPONDS TO DEPOSITED FILE. R- FACTORS, R-WORK AND R-FREE, ARE TAKEN FROM SECOND TO LAST ROUND OF REFINEMENT WHICH USED TEST DATA SET.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.7025 Å / Origin y: 14.9165 Å / Origin z: 27.3086 Å
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