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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y9t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a type III secretion system protein complexed with the lipid, 1-monohexanoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphate | ||||||
要素 | Lipoprotein mxiM | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / MIXED ALPHA/BETA / CRACKED B-BARREL FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Lario, P.I. / Strynadka, N.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2005 タイトル: Structure and biochemical analysis of a secretin pilot protein. 著者: Lario, P.I. / Pfuetzner, R.A. / Frey, E.A. / Creagh, L. / Haynes, C. / Maurelli, A.T. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y9t.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y9t.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12903.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: mxiM / プラスミド: PET19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1X2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-HHG / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: (NH3)2SO4 LiSO4 NaCHOCH3, 1-monohexanoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→42.4 Å / Num. all: 9460 / Num. obs: 9460 / % possible obs: 96.37 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 34 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 912 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 93.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1Y9L 解像度: 1.87→42.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 7.486 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→42.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.6107 Å / Origin y: 42.2189 Å / Origin z: 2.9285 Å
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