PDB-1y8t: Crystal Structure of RV0983 from Mycobacterium tuberculosis- Prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y8t

タイトル

Crystal Structure of RV0983 from Mycobacterium tuberculosis- Proteolytically active form

要素

hypothetical protein Rv0983

仮説

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI /

Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase Do / cellular response to antibiotic / serine-type peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Palaninathan, S.K. / MohamedMohaideen, N.N. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Possible role for HtrA homologs in mycobacterium tuberculosis
著者: Palaninathan, S.K. / MohamedMohaideen, N.N. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2004年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y8t.cif.gz	156.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y8t.ent.gz	123.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/1y8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/1y8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2z9i-d 1qbe-d 1od5-d 4olq-2 5kip-d 1dwn-d 5vly-d 3gz6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv0983

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein Rv0983

B: hypothetical protein Rv0983

C: hypothetical protein Rv0983

97.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.584, 89.067, 69.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-325- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	7 - 26	7 - 26
2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	B	7 - 25	7 - 25
3	1	SER	SER	ASP	ASP	C	C	7 - 25	7 - 25
4	2	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	32 - 55	32 - 55
5	2	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	32 - 54	32 - 54
6	2	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	32 - 55	32 - 55
7	3	LYS	LYS	THR	THR	A	A	65 - 144	65 - 144
8	3	LYS	LYS	THR	THR	B	B	65 - 144	65 - 144
9	3	LYS	LYS	THR	THR	C	C	65 - 144	65 - 144
10	4	THR	THR	LEU	LEU	A	A	153 - 190	153 - 190
11	4	THR	THR	GLY	GLY	B	B	153 - 191	153 - 191
12	4	THR	THR	LEU	LEU	C	C	153 - 190	153 - 190
13	5	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	200 - 238	200 - 238
14	5	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	200 - 238	200 - 238
15	5	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	200 - 237	200 - 237
16	6	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	244 - 250	244 - 250
17	6	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	244 - 250	244 - 250
18	6	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	244 - 249	244 - 249
19	7	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	254 - 256	254 - 256
20	7	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	254 - 256	254 - 256
21	7	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	254 - 255	254 - 255
22	8	PRO	PRO	ASP	ASP	A	A	261 - 271	261 - 271
23	8	PRO	PRO	ASP	ASP	B	B	261 - 271	261 - 271
24	8	PRO	PRO	ASP	ASP	C	C	261 - 270	261 - 270
25	9	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	273 - 295	273 - 295
26	9	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	273 - 295	273 - 295
27	9	PRO	PRO	ALA	ALA	C	C	273 - 294	273 - 294
28	10	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	312 - 314	312 - 314
29	10	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	312 - 314	312 - 314
30	10	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	312 - 314	312 - 314

#1: タンパク質	hypothetical protein Rv0983 / 仮説分子量: 32368.926 Da / 分子数: 3 / 断片: SERINE PROTEASE - HtrA / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B121de3 / 参照: UniProt: O53896
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.85 %

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.979, 0.94181, 0.97923

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月30日

放射

モノクロメーター: SYNCROTRON / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.94181	1
3	0.97923	1

反射

解像度: 1.85→76.7 Å / Num. obs: 76977 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.12

反射シェル

解像度: 1.85→1.99 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: CRYSTAL STRUCTURE OF RV1223 (STRUCTURE of RV1223 has been SOLVED at HOME, TO BE SUBMITTED TO PDB SOON)

解像度: 2→76.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 15.662 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28027	3078	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22652	-	-	-
obs	0.22931	57235	98.8 %	-
all	-	57235	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.742 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0.5 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→76.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5431	0	0	318	5749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.035	0.022	5466
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.164	1.976	7474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.996	5	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.932	26.143	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.87	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.285	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.253	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.277	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.203	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.47	1.5	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.146	2	6327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.694	3	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.58	4.5	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1591 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.45	0.5
2	B	medium positional	0.52	0.5
3	C	medium positional	0.54	0.5
1	A	medium thermal	2.25	2
2	B	medium thermal	2.05	2
3	C	medium thermal	1.69	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.404	206	-
R_work	0.321	3925	-
obs	-	-	91.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 43.6233 Å / Origin y: 43.952 Å / Origin z: 20.1273 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0494 Å²	-0.1006 Å²	-0.0067 Å²	-	-0.0481 Å²	-0.0196 Å²	-	-	-0.1481 Å²
L	1.326 °²	0.3262 °²	-0.0938 °²	-	0.7724 °²	0.0207 °²	-	-	0.4857 °²
S	-0.1945 Å °	0.2054 Å °	-0.0017 Å °	-0.1298 Å °	0.1469 Å °	-0.0607 Å °	-0.0496 Å °	0.0697 Å °	0.0477 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 312	7 - 312
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	7 - 312	7 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	7 - 312	7 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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