+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y5f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T-To-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaL96A deoxy low-salt (1 test set) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic evidence for a new ensemble of ligand-induced allosteric transitions in hemoglobin: the T-to-T(high) quaternary transitions. 著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xxtC ![]() 1xy0C ![]() 1xz5C ![]() 1xz7C ![]() 1xzuC ![]() 1xzvC ![]() 1y09C ![]() 1y0aC ![]() 1y0cC ![]() 1y0dC ![]() 1y0tSC ![]() 1y0wC ![]() 1y22C ![]() 1y2zC ![]() 1y31C ![]() 1y35C ![]() 1y45C ![]() 1y46C ![]() 1y4bC ![]() 1y4fC ![]() 1y4gC ![]() 1y4pC ![]() 1y4qC ![]() 1y4rC ![]() 1y4vC ![]() 1y5jC ![]() 1y5kC ![]() 1y7cC ![]() 1y7dC ![]() 1y7gC ![]() 1y7zC ![]() 1y83C ![]() 1y85C ![]() 1y8wC ![]() 1ydzC ![]() 1ye0C ![]() 1ye1C ![]() 1ye2C ![]() 1yenC ![]() 1yeoC ![]() 1yeqC ![]() 1yeuC ![]() 1yevC ![]() 1yg5C ![]() 1ygdC ![]() 1ygfC ![]() 1yh9C ![]() 1yheC ![]() 1yhrC ![]() 1yieC ![]() 1yihC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | the crystallographic asymmteric unit in this entry is an alpha2beta2 tetramer. the crystallographic asymmetric unit and the biological unit are equivalent |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15880.185 Da / 分子数: 2 / Mutation: V1M, L96A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 6000, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 3 mM sodium dithionite, 10 mg/ml Hb, pH 7.0, batch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月3日 / 詳細: GRAPHITE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 35049 / Num. obs: 35049 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.31 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6371 / % possible all: 90.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Y0T 解像度: 2.14→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.31 Å /
|