PDB-1xuz: Crystal structure analysis of sialic acid synthase (NeuB)from Nei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xuz

タイトル

Crystal structure analysis of sialic acid synthase (NeuB)from Neisseria meningitidis, bound to Mn2+, Phosphoenolpyruvate, and N-acetyl mannosaminitol

要素

polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) /

TIM barrel (TIMバレル) / Antifreeze-like domain / Domain-swapped dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gunawan, J. / Simard, D. / Gilbert, M. / Lovering, A.L. / Wakarchuk, W.W. / Tanner, M.E. / Strynadka, N.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and mechanistic analysis of sialic acid synthase NeuB from Neisseria meningitidis in complex with Mn2+, phosphoenolpyruvate, and N-acetylmannosaminitol.
著者: Gunawan, J. / Simard, D. / Gilbert, M. / Lovering, A.L. / Wakarchuk, W.W. / Tanner, M.E. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2004年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xuz.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xuz.ent.gz	64.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xuz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/1xuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/1xuz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xuuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ppx-1 6ppw-1 6ppy-1 1xuu-1 4d5q-1 1tm7-2 1tm4-2 4ipj-1 4d5v-1 2fu8-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (3) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC

ヘテロ分子

38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC

ヘテロ分子

A: polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.531, 75.654, 77.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The biological assembly is a domain-swapped dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x, -y, z; 1/2-x, 1/2+y, -z; 1/2+x, 1/2-y, -z

#1: タンパク質	polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC / Sialic Acid Synthase / NeuB 分子量: 38395.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: neuB / プラスミド: pCWori+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57265
#2: 糖	ChemComp-MMN / 5-DEOXY-5-{[(1S)-1-HYDROXYETHYL]AMINO}-D-GLUCITOL / N-ACETYLMANNOSAMINITOL タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 225.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₉NO₆
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Crystal Buffer Exchange, Malic Acid, Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: CuK alpha / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 17331 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.036 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique all: 2395 / R_sym value: 0.078 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2481	1725	-	random
R_work	0.1863	-	-	-
obs	0.1863	17313	95.4 %	-
all	-	18148	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2681	0	26	255	2962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.24 Å / R_factor R_free error: 0.012 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3012	46
R_work	0.2118	-
obs	-	369

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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