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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xmz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the dark state of kindling fluorescent protein kfp from anemonia sulcata | |||||||||
要素 |
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キーワード | LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / CHROMOPHORE STRUCTURE / ASCP595 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Anemonia sulcata (イソギンチャク) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Quillin, M.L. / Anstrom, D.M. / Shu, X. / O'Leary, S. / Kallio, K. / Chudakov, D.M. / Remington, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Kindling Fluorescent Protein from Anemonia sulcata: Dark-State Structure at 1.38 Resolution 著者: Quillin, M.L. / Anstrom, D.M. / Shu, X. / O'Leary, S. / Kallio, K. / Chudakov, D.M. / Remington, S.J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Natural Animal Coloration Can be Determined by a Nonfluorescent Green Fluorescent Protein Homolog 著者: Lukyanov, K.A. / Fradkov, A.F. / Gurskaya, N.G. / Matz, M.V. / Labas, Y.A. / Savitsky, A.P. / Markelov, M.L. / Zaraisky, A.G. / Zhao, X. / Fang, Y. / Tan, W. / Lukyanov, S.A. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Alternative Cyclization in Gfp-Like Proteins Family. The Formation and Structure of the Chromophore of a Purple Chromoprotein from Anemonia Sulcata 著者: Martynov, V.I. / Savitsky, A.P. / Martynova, N.Y. / Savitsky, P.A. / Lukyanov, K.A. / Lukyanov, S.A. #3: ジャーナル: BMC BIOCHEM. / 年: 2002 タイトル: Interconversion of Anthozoa Gfp-Like Fluorescent and Nonfluorescent Proteins by Mutagenesis 著者: Bulina, M.E. / Chudakov, D.M. / Mudrik, N.N. / Lukyanov, K.A. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Chromophore Environment Provides Clue to "Kindling Fluorescent Protein" Riddle 著者: Chudakov, D.M. / Foefanov, A.V. / Mudrik, N.N. / Lukyanov, S. / Lukyanov, K.A. #5: ジャーナル: NAT.BIOTECHNOL. / 年: 2003 タイトル: Kindling Fluorescent Proteins for Precise in Vivo Photolabeling 著者: Chudakov, D.M. / Belousov, V.V. / Zaraisky, A.G. / Novoselov, V.V. / Staroverov, D.B. / Zorov, D.B. / Lukyanov, S. / Lukyanov, K.A. #6: ジャーナル: To be Published タイトル: Synthesis and Properties of the Chromophore of Asulcp Chromoprotein from Anemonia Sulcata 著者: Yampolsky, I.V. / Remington, S.J. / Potapov, V.K. / Lukyanov, K.A. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUE MET 63, TYR 64 AND GLY 65 ARE MODIFIED TO FORM A CHROMOPHORE (CRK 65) IN BOTH CHAINS | |||||||||
Remark 400 | COMPOUND THE AMINO GROUP (NH2 240) FOLLOWING CYS 62 IS DERIVED FROM THE PEPTIDE NITROGEN OF MET 63 |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xmz.cif.gz | 223.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xmz.ent.gz | 180.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xmz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1g7kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.188266, 0.002404, -0.982115), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8065.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anemonia sulcata (イソギンチャク) プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9GZ28 #2: タンパク質 | 分子量: 19127.678 Da / 分子数: 2 / Mutation: A143G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anemonia sulcata (イソギンチャク) プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9GZ28 #3: 化合物 | ChemComp-BME / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 26% PEG 1550, 0.14 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 89428 / Num. obs: 89428 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 49.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 8895 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G7K 解像度: 1.38→50 Å / Num. parameters: 38699 / Num. restraintsaints: 48588 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ANISOTROPIC B-FACTORS / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: A solvent model based on Moews & Kretsinger, 1975 was applied during refinement. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 46 / Occupancy sum hydrogen: 3322 / Occupancy sum non hydrogen: 4108 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→50 Å
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拘束条件 |
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