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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xm5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of metal-dependent hydrolase ybeY from E. coli, Pfam UPF0054 | ||||||
要素 | Hypothetical UPF0054 protein ybeY | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / protein structure initiative / NYSGXRC target T842 / PFAM family UPF0054 / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / nickel cation binding / maturation of SSU-rRNA / transcription antitermination / metalloendopeptidase activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / リボソーム生合成 / response to heat ...: / nickel cation binding / maturation of SSU-rRNA / transcription antitermination / metalloendopeptidase activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / リボソーム生合成 / response to heat / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / 翻訳 (生物学) / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shi, W. / Ramagopal, U.A. / Thirumuruhan, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: The ybeY protein from Escherichia coli is a metalloprotein. 著者: Zhan, C. / Fedorov, E.V. / Shi, W. / Ramagopal, U.A. / Thirumuruhan, R. / Manjasetty, B.A. / Almo, S.C. / Fiser, A. / Chance, M.R. / Fedorov, A.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xm5.cif.gz | 129.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xm5.ent.gz | 100.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xm5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xm5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17539.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybeY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A898 #2: 化合物 | ChemComp-NI / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % 解説: Radiation sources NSLS X9A and APS 19BM were used at early stages of the study. |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350, magnesium chloride, Bis Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 20911 / Num. obs: 20911 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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