PDB-1xko: Structure of Thermotoga maritima CheX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xko

タイトル

Structure of Thermotoga maritima CheX

要素

CHEMOTAXIS protein cheX

走化性

キーワード

ATTRACTANT /

chemotaxis (走化性) /

signal transduction (シグナル伝達) /

protein phosphatase (プロテインホスファターゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素 /

走化性 /

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Park, S.Y. / Chao, X. / Gonzalez-Bonet, G. / Beel, B.D. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure and Function of an Unusual Family of Protein Phosphatases; The Bacterial Chemotaxis Proteins CheC and CheX.
著者: Park, S.Y. / Chao, X. / Gonzalez-Bonet, G. / Beel, B.D. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.

履歴

登録	2004年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xko.cif.gz	68.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xko.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xkrC 1squS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1buq-d 1squ-d 6vpw-d 4wch-2 1r0y-4 6ubq-d 3gys-3 3nx8-d 1r0w-4 5caj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CHEMOTAXIS protein cheX

B: CHEMOTAXIS protein cheX

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.21, 67.90, 78.78
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CHEMOTAXIS protein cheX / 走化性分子量: 16880.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) プラスミド: pET28a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 15644366, UniProt: Q9X1V3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CHEMOTAXIS protein cheX /

走化性

分子量: 16880.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
プラスミド: pET28a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照:

GenBank: 15644366, UniProt: Q9X1V3*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4K, Tris HCl, Methyl-ethyl ketone, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月25日
放射	モノクロメーター: Si mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→50 Å / Num. all: 9609 / Num. obs: 9609 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.48→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.206 / R_sym value: 0.206 / % possible all: 53.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SQU

1squ

解像度: 2.48→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: Free R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.295	959	RANDOM
R_work	0.24	-	-
all	-	9609	-
obs	-	9609	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.521 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.308 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.829 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2281	0	0	42	2323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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