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- PDB-1xi3: Thiamine phosphate pyrophosphorylase from Pyrococcus furiosus Pfu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xi3
タイトルThiamine phosphate pyrophosphorylase from Pyrococcus furiosus Pfu-1255191-001
要素Thiamine phosphate pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / Thiamine phosphate pyrophosphorylase / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) / hyperthermophile (超好熱菌) / protein structure initiative / PSI / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Thiamine-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhou, W. / Chen, L. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Habel, J. / Lee, D. / Lin, D. / Chang, S.-H. / Dillard, B.D. / Eneh, J.C. ...Zhou, W. / Chen, L. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Habel, J. / Lee, D. / Lin, D. / Chang, S.-H. / Dillard, B.D. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Kelley, L.-L.C. / Lee, H.-S. / Li, T. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Arendall III, W.B. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Rose, J.P. / Adams, M.W.W. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Thiamine phosphate pyrophosphorylase from Pyrococcus furiosus Pfu-1255191-001
著者: Zhou, W. / Chen, L. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Habel, J. / Lee, D. / Lin, D. / Chang, S.-H. / DILLARD, B.D. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / KELLEY, L.-L.C. / Lee, H.-S. / ...著者: Zhou, W. / Chen, L. / Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Habel, J. / Lee, D. / Lin, D. / Chang, S.-H. / DILLARD, B.D. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / KELLEY, L.-L.C. / Lee, H.-S. / Li, T. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Arendall III, W.B. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Rose, J.P. / Adams, M.W.W. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2004年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine phosphate pyrophosphorylase
B: Thiamine phosphate pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2217
ポリマ－47,0662
非ポリマー1555
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.386, 81.210, 152.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

NI

21A-463-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thiamine phosphate pyrophosphorylase / TMP pyrophosphorylase / TMP-PPase / Thiamine-phosphate synthase


分子量: 23532.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: thiE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U192, thiamine phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 4.6
詳細: 30%v/v PEG 2000 MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, modified microbatch, temperature 291KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 50284 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 2.561
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
1.7-1.760.28149611.001100
1.76-1.830.25249501.053100
1.83-1.910.19849981.284100
1.91-2.020.1649941.615100
2.02-2.140.13349892.036100
2.14-2.310.11649742.46100
2.31-2.540.10650482.889100
2.54-2.910.09750303.429100
2.91-3.660.08550734.613100
3.66-300.07452675.054100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1G4T

1g4t


解像度: 1.7→29.086 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 1.787 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 1540 3.063 %thin shells
Rwork0.188 ---
all0.189 ---
obs0.18878 50281 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.012 Å20 Å20 Å2
2--0.004 Å20 Å2
3----0.016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 9 264 3322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9994164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83136994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3485400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.79624.24125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62215561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6051528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.23073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21869
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3360.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3110.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.60322164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6722832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0933224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.87332756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96521131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.88922391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3553940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.82434238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.7370.23770.18734183495
1.737-1.7850.2381540.19234293583
1.785-1.8360.26770.18934023479
1.836-1.8920.2321540.18332233377
1.892-1.9540.211770.17932503327
1.954-2.0220.228770.18630843161
2.022-2.0980.173770.18629953072
2.098-2.1840.1991540.18528312985
2.184-2.280.234770.18327772854
2.28-2.3910.241770.18426452722
2.391-2.5190.205770.18525182595
2.519-2.6710.228770.19223872464
2.671-2.8530.235770.20422622339
2.853-3.0790.235770.21420792156
3.079-3.3700.19420212021
3.37-3.7610.186770.18917541831
3.761-4.3310.17770.16615461623
4.331-5.27500.16713951395
5.275-7.340.27770.20710391116
7.34-29.08600.204686686

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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