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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x04 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of endophilin BAR domain (mutant) | ||||||
要素 | SH3-containing GRB2-like protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / BAR domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of blood-brain barrier permeability / dendrite extension / synaptic vesicle uncoating / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Recycling pathway of L1 / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / MHC class II antigen presentation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell ...negative regulation of blood-brain barrier permeability / dendrite extension / synaptic vesicle uncoating / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Recycling pathway of L1 / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / MHC class II antigen presentation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / negative regulation of protein phosphorylation / central nervous system development / cell projection / EGFR downregulation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Negative regulation of MET activity / neuron projection development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / エンドソーム / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / glutamatergic synapse / lipid binding / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Masuda, M. / Takeda, S. / Sone, M. / Kamioka, Y. / Mori, H. / Mochizuki, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Endophilin BAR domain drives membrane curvature by two newly identified structure-based mechanisms 著者: Masuda, M. / Takeda, S. / Sone, M. / Ohki, T. / Mori, H. / Kamioka, Y. / Mochizuki, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x04.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x04.ent.gz | 36.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x04 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated by the two fold axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26610.146 Da / 分子数: 1 / 断片: endophilin A1 BAR domain (residues 59-66) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q99962, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 8 詳細: NaCl, ethylene glycol, glycerol, benzamizine/HCl, Tris, DTT, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月27日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 17816 / Num. obs: 17780 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1782 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 74.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å
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