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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wvl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Multimeric DNA-binding Protein Sac7d-GCN4 with DNA decamer | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / leucine zipper (ロイシンジッパー) / protein engineering (タンパク質工学) / synchrotron radiation (放射光) / thermophile (好熱菌) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, S.W. / Wang, A.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: Design and characterization of a multimeric DNA binding protein using Sac7d and GCN4 as templates 著者: Wu, S.W. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wvl.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wvl.ent.gz | 41.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wvl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wvl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1azpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -1+y, 1+x, 3/4-z. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3044.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 9218.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13123 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Tri-Sodium Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 116 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月30日 |
放射 | モノクロメーター: MSC confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 11603 / Num. obs: 10690 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1azp 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.046
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