[日本語] English
万見
- PDB-1wrf: Refined solution structure of Der f 2, The Major Mite Allergen fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wrf
タイトルRefined solution structure of Der f 2, The Major Mite Allergen from Dermatophagoides farinae
要素Mite group 2 allergen Der f 2
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol transport / sterol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mite group 2 allergen Der f 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides farinae (ヒョウヒダニ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Ichikawa, S. / Takai, T. / Inoue, T. / Yuuki, T. / Okumura, Y. / Ogura, K. / Inagaki, F. / Hatanaka, H.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2005
タイトル: NMR Study on the Major Mite Allergen Der f 2: Its Refined Tertiary Structure, Epitopes for Monoclonal Antibodies and Characteristics Shared by ML Protein Group Members
著者: Ichikawa, S. / Takai, T. / Inoue, T. / Yuuki, T. / Okumura, Y. / Ogura, K. / Inagaki, F. / Hatanaka, H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of Der f 2, the major mite allergen for atopic diseases
著者: Ichikawa, S. / Hatanaka, H. / Yuuki, T. / Iwamoto, N. / Kojima, S. / Nishiyama, C. / Ogura, K. / Okumura, Y. / Inagaki, F.
履歴
登録2004年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mite group 2 allergen Der f 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0641
ポリマ－14,0641
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100LEAST FNOE+FCDIH+FREPEL
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 Mite group 2 allergen Der f 2 / Der f II


分子量: 14064.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ヒョウヒダニ)
プラスミド: PFLT1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00855

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細内容: 2.7mM of Der f 2 U-15N,13C; 20mM KH2PO4/Na2HPO4 buffer; 90% H2O, 10% D2O; 140mM N-octyl-b-D-glucoside; 0.01% (w/v) NaN3
溶媒系: 90% H2O-10% D2O, 140mM N-octyl-b-D-glucoside, 0.01% (w/v) NaN3
試料状態pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 328 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 1854 NOE-derived distance constraints and 132 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST FNOE+FCDIH+FREPEL
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る