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Yorodumi- PDB-1wnv: D136A mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1wnv | ||||||
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Title | D136A mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) | ||||||
Components | Heme oxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Heme / alpha-helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Matsui, T. / Unno, M. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2005 Title: Roles of Distal Asp in Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, HmuO: A WATER-DRIVEN OXYGEN ACTIVATION MECHANISM Authors: Matsui, T. / Furukawa, M. / Unno, M. / Tomita, T. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1wnv.cif.gz | 267 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1wnv.ent.gz | 216.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1wnv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1wnv_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1wnv_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 1wnv_validation.xml.gz | 27.7 KB | Display | |
Data in CIF | 1wnv_validation.cif.gz | 39.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnv | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24126.148 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D136A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Plasmid: pMW172 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing) #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: MES, Ammonium sulfate, sodium iodide, dioxane, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2003 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 59737 / Num. obs: 59737 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.92 Å / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.69 / SU ML: 0.082 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.173 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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