PDB-1wa3: Mechanism of the Class I KDPG aldolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wa3

タイトル

Mechanism of the Class I KDPG aldolase

要素

2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

キーワード

LYASE (リアーゼ) / KDPG /

PYRUVATE (ピルビン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fullerton, S.W.B. / Griffiths, J.S. / Merkel, A.B. / Wymer, N.J. / Hutchins, M.J. / Fierke, C.A. / Toone, E.J. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Mechanism of the Class I Kdpg Aldolase.
著者: Fullerton, S.W.B. / Griffiths, J.S. / Merkel, A.B. / Cheriyan, M. / Wymer, N.J. / Hutchins, M.J. / Fierke, C.A. / Toone, E.J. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2004年10月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Derived calculations / Other / Structure summary
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wa3.cif.gz	237.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wa3.ent.gz	193.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wa3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/1wa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/1wa3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wauC 1wbhC 2c0aC 1euaS 1vlw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vlw-4 3vcr-1 2v82-1 1u83-2 2yw4-1 3dci-d 2yw3-1 2qf0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

B: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

C: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

D: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

E: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

F: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

ヘテロ分子

135 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

B: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

C: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

E: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

F: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.600, 101.100, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE / 4-HYDROXY-2-OXOGLUTARATE ALDOLASE / 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE / 4-HYDROXY-2- ...4-HYDROXY-2-OXOGLUTARATE ALDOLASE / 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE / 4-HYDROXY-2-OXOGLUTARATE ALDOLASE 分子量: 22267.123 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCHIFF BASE FORMED WITH PYRUVATE IN THE ACTIVE SITE 由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ) 解説: DSM 3109 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9WXS1, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸 / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化	pH: 4.6 詳細: 0.075M SODIUM ACETATE, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 28%W/V PEG4000, pH 4.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.932
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月14日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→32.97 Å / Num. obs: 309752 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.07
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.3 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0007	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EUA

1eua

解像度: 1.9→32.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 7.84 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	3900	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.195	73594	94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9203	0	60	306	9569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9437
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.606	1.983	12705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.244	5	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.805	25.179	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.334	15	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.371	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.395	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.112	1.5	6172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.599	2	9687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.775	3	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.493	4.5	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.94 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	201	-
R_work	0.214	4320	-
obs	-	-	92.1 %

精密化 TLS

T11: 0.0036 Å² / T23: 0.0076 Å² / T33: 0.0176 Å² / 手法: refined / Origin x: 16.556 Å / Origin y: 33.747 Å / Origin z: 36.601 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)
1	0.0632	0.0529	0.0496	0.1482	0.2882	0.6474	-0.0031	-0.0344	-0.001	-0.0791	-0.0041	0.0192	-0.1652	0.0131	0.0072	0.0077	0.0065	0.0234
2	0.0677	0.0991	0.0509	0.5472	0.579	0.6993	0.0118	-0.0125	-0.0333	0.0345	0.0571	-0.0237	0.0139	0.1052	-0.0689	0.0077	0.0065	0.0234
3	0.1059	0.2136	-0.0012	2.572	0.4166	0.082	0.2247	-0.0699	-0.0254	0.8109	-0.0905	-0.2205	0.5003	-0.0246	-0.1342	0.0077	0.0063	0.0234
4	0.2261	0.4486	0.5303	0.8971	1.0017	1.6082	0.0857	0.0066	-0.0692	0.2523	0.2294	-0.3473	0.4178	0.0943	-0.3151	0.0074	0.0065	0.0235
5	0.1105	0.0354	0.1982	0.2055	0.3103	0.6692	0.1058	-0.053	-0.0274	0.0002	-0.056	-0.0034	-0.0317	-0.0255	-0.0499	0.0076	0.0065	0.0234
6	0.4098	0.1015	0.1694	0.6612	0.4096	0.2825	0.0402	0.0173	-0.1752	0.0131	-0.0055	-0.0701	-0.0302	0.0226	-0.0347	0.0077	0.0065	0.0234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 203
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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