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万見
- PDB-1vyb: Endonuclease domain of human LINE1 ORF2p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyb
タイトルEndonuclease domain of human LINE1 ORF2p
要素ORF2 CONTAINS A REVERSE TRANSCRIPTASE DOMAIN
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / APE-1 TYPE / RETROTRANSPOSITION (トランスポゾン) / RETROTRANSPOSON (レトロトランスポゾン) / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE (逆転写酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスポゾン / nucleic acid metabolic process / type II site-specific deoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 逆転写酵素 / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA recombination / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / 4-Layer Sandwich / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFITE ION / LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Weichenrieder, O. / Repanas, K. / Perrakis, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the targeting endonuclease of the human LINE-1 retrotransposon.
著者: Weichenrieder, O. / Repanas, K. / Perrakis, A.
履歴
登録2004年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF2 CONTAINS A REVERSE TRANSCRIPTASE DOMAIN
B: ORF2 CONTAINS A REVERSE TRANSCRIPTASE DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,22712
ポリマ－54,3022
非ポリマー92510
水8,071448
1
A: ORF2 CONTAINS A REVERSE TRANSCRIPTASE DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6126
ポリマ－27,1511
非ポリマー4605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ORF2 CONTAINS A REVERSE TRANSCRIPTASE DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6166
ポリマ－27,1511
非ポリマー4645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.044, 126.477, 43.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2123-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.39, 0.028, -0.92), (-0.024, -0.999, -0.04), (-0.92, 0.038, -0.389)
ベクター: 1.21795, 406.41736, 2.42721)

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要素

#1: タンパク質 ORF2 CONTAINS A REVERSE TRANSCRIPTASE DOMAIN / LINE-1 REVERSE TRANSCRIPTASE HOMOLOG


分子量: 27151.244 Da / 分子数: 2 / 断片: ENDONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 1-238 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NOT OFFICIALLY ASSIGNED TO EC 4.2.99.18, BUT THAT IS THE CLOSEST GROUP
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET15-L1EN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15606, UniProt: O00370*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン / Sulfite


分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 685558 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DEW

1dew


解像度: 1.8→20.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.047 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2329 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 43461 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.05 Å20 Å20 Å2
2---2.37 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3764 0 49 448 4261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.9535223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87238249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0055467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50923.772167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07415742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.221526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.23560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4261.53067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3111947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57223811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81531725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.914.51412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 141
Rwork0.249 2803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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